[AMBER] My input file

From: Chris Chris <alpharecept.yahoo.com>
Date: Mon, 10 Sep 2012 15:31:54 -0700 (PDT)

I am using Amber 11 on Blacklight (PSC). I am trying to equilibrate my protein as is done in the MMPBSA tutorial online. I am using pmemd.

Here is my .in file:

heat 2psj ctz first time                                                       
 &cntrl                                                                        
  imin=0,irest=1,ntx=5,                                                        
  nstlim=25000,dt=0.002,                                                       
  ntc=2,ntf=2,                                                                 
  cut=8.0, ntb=2, ntp=1, taup=1.0,                                             
  ntpr=500, ntwx=500,                                                          
  ntt=3, gamma_ln=2.0,                                                         
  temp0=300.0,                                                                 
  ntr=1,                                                                       
   /                                                                           
lets' just write this                                                          
10.0                                                                           
RES 1 612                                                                      
RND                                                                            
END                                                                            


My equilibration stops when it reaches this point and I am assuming that my .in file is written incorrectly for pmemd.

Can someone correct me?

Thanks

Chris
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Mon Sep 10 2012 - 16:00:04 PDT