Re: [AMBER] MMPBSA calculation of large proteins

From: Jyotsna Bhat <bhat.jyotsna.yahoo.com>
Date: Mon, 7 May 2012 09:31:30 -0700 (PDT)

I have used Amber10 for MD run and further calculations. I am using perl scripts for mmpbsa.INPUT files
for extraction of coordinates as follows:
.GENERAL
PREFIX��������������� snapshot
PATH����������������� ./
COMPLEX�������������� 1
RECEPTOR������������� 1
LIGAND��������������� 1
COMPT����������������
 ../prmtop/complex_vac.prmtop
RECPT���������������� ../prmtop/prot_vac.prmtop
LIGPT���������������� ../prmtop/BIM.prmtop
GC������������������� 1
AS������������������� 0
DC������������������� 0
MM������������������� 0
GB�������������������
 0
PB������������������� 0
MS������������������� 0
NM������������������� 0
.MAKECRD
BOX������������������ YES
NTOTAL��������������� 9249
NSTART��������������� 1
NSTOP���������������� 999
NFREQ����������������
 100
NUMBER_LIG_GROUPS���� 1
LSTART��������������� 9188
LSTOP���������������� 9249
NUMBER_REC_GROUPS���� 1
RSTART��������������� 1
RSTOP���������������� 9187
.TRAJECTORY
TRAJECTORY���������� ../strip_mdcrd/2mBIM_nowat.mdcrd
.PROGRAMS
for binding energy calculation:
.GENERAL
PREFIX���������������
 snapshot
PATH����������������� ./
#
COMPLEX�������������� 1
RECEPTOR������������� 1
LIGAND��������������� 1
#
COMPT���������������� ../prmtop/complex_vac.prmtop
RECPT���������������� ../prmtop/prot_vac.prmtop
LIGPT���������������� ../prmtop/BIM.prmtop
#
GC�������������������
 0
AS������������������� 0
DC������������������� 0
#
MM������������������� 1
GB������������������� 1
PB������������������� 1
MS������������������� 1
#
NM�������������������
 0
#
.PB
PROC����������������� 2
REFE����������������� 0
INDI����������������� 1.0
EXDI����������������� 80.0
SCALE���������������� 2
LINIT���������������� 1000
PRBRAD��������������� 1.4
ISTRNG���������������
 0.0
RADIOPT�������������� 0
NPOPT���������������� 1
CAVITY_SURFTEN������� 0.0072
CAVITY_OFFSET�������� 0.00
#
SURFTEN�������������� 0.0072
SURFOFF�������������� 0.00
#
################################################################################
.MM
DIELC���������������� 1.0
.GB
IGB������������������ 2
GBSA����������������� 1
SALTCON�������������� 0.00
EXTDIEL�������������� 80.0
INTDIEL��������������
 1.0
#
SURFTEN�������������� 0.0072
SURFOFF�������������� 0.00
#
################################################################################
.MS
PROBE���������������� 0.0
.
Extraction occurs with no problems but after running binding energy script it gives error as follows:
/opt/amber10/exe/sander
-O -i pbsa_com.in -o pbsa_com.1.out -c ./snapshot_com.crd.1 -p
../prmtop/complex_vac.prmtop not successful

log file of binding energy calculation:

=>> Init data
��� Presuming executables of amber suite to be in /opt/amber10/exe

=>> Reading input parameters
��� Found PREFIX => snapshot
��� Found PATH => ./
��� Found COMPLEX => 1
��� Found RECEPTOR => 1
��� Found LIGAND => 1
��� Found COMPT => ../prmtop/complex_vac.prmtop
��� Found RECPT =>
 ../prmtop/prot_vac.prmtop
��� Found LIGPT => ../prmtop/BIM.prmtop
��� Found GC => 0
��� Found AS => 0
��� Found DC => 0
��� Found MM => 1
��� Found GB => 1
��� Found PB => 1
��� Found MS => 1
��� Found NM => 0
��� Found PROC => 2
��� Found REFE => 0
��� Found INDI => 1.0
��� Found EXDI => 80.0
��� Found SCALE => 2
��� Found LINIT => 1000
��� Found PRBRAD => 1.4
��� Found ISTRNG => 0.0
��� Found RADIOPT => 0
��� Found NPOPT => 1
��� Found CAVITY_SURFTEN => 0.0072
��� Found CAVITY_OFFSET => 0.00
��� Found
 SURFTEN => 0.0072
��� Found SURFOFF => 0.00
��� Found DIELC => 1.0
��� Found IGB => 2
��� Found GBSA => 1
��� Found SALTCON => 0.00
��� Found EXTDIEL => 80.0
��� Found INTDIEL => 1.0
��� Found SURFTEN => 0.0072
��� Found SURFOFF => 0.00
��� Found PROBE => 0.0

=>> Checking sanity
��� Checking GENERAL
��� Setting START to default 1
��� Setting STOP to default 10e10
��� Setting OFFSET to default 1
��� Setting VERBOSE to default 0
��� Checking MM
��� Checking PB
��� Checking GB
��� Checking MS

=>> Creating input
��� Sander
 input
��� PBSA input

=>> Calculating energy / entropy contributions
��� Calc contrib for ./snapshot_com.crd.1
������� Calc MM/GB/SAS
������� Generate PDB
������� Center PDB
������� Calc PBSA

pbsa_com.1.out:

File Assignments:
|� MDIN: pbsa_com.in����������������������������������������������������������
| MDOUT: pbsa_com.1.out�������������������������������������������������������
|INPCRD:
 ./snapshot_com.crd.1�������������������������������������������������
|� PARM: ../prmtop/complex_vac.prmtop�����������������������������������������
|RESTRT:
 restrt���������������������������������������������������������������
|� REFC: refc�����������������������������������������������������������������
| MDVEL:
 mdvel����������������������������������������������������������������
|� MDEN: mden�����������������������������������������������������������������
| MDCRD:
 mdcrd����������������������������������������������������������������
|MDINFO: mdinfo���������������������������������������������������������������
|INPDIP:
 inpdip���������������������������������������������������������������
|RSTDIP: rstdip���������������������������������������������������������������


�Here is the input file:

File generated by mm_pbsa.pl. Using
 PB����������������������������������������
�&cntrl�����������������������������������������������������������������������
� ntf��� = 1,������ ntb��� =
 0,�����������������������������������������������
� igb��� = 10,����� dielc� = 1.0,���������������������������������������������
� cut��� = 999.0,�� nsnb�� =
 99999,�������������������������������������������
� scnb�� = 2.0,���� scee�� = 1.2,���������������������������������������������
� imin�� = 1,������ maxcyc = 0,������ ntmin� = 2,�����������������������������
� ivcap� =
 0,������ cutcap = -1,����������������������������������������������
� xcap�� = 0, ycap�� = 0, zcap�� = 0������������������������������������������
� idecomp=
 0,�����������������������������������������������������������������
�&end�������������������������������������������������������������������������
 
�&pb��������������������������������������������������������������������������
� epsin� = 1.0,���� epsout� = 80.0,�������������������������������������������
� istrng = 0.0,������ radiopt =
 0,��������������������������������������������
� sprob� = 1.4,���� space�� = 0.5,��������������������������������������������
� maxitn = 1000,��� npopt�� = 1,��� dbfopt� = 1,������������������������������
� cavity_surften = 0.0072,� fillratio = 4.00,�
 cavity_offset�� = 0.00,��������
� npbverb= 1������������������������������������������������������������������
�&end�������������������������������������������������������������������������
 

--------------------------------------------------------------------------------
�� 1.� RESOURCE�� USE:
--------------------------------------------------------------------------------

| Flags:�����������������������������������������������������������������������
| New format PARM file being parsed.
| Version =��� 1.000 Date = 08/09/11 Time = 22:39:42
�NATOM� =��� 9249 NTYPES =����� 18 NBONH =��� 4578 MBONA� =��� 4783
�NTHETH =��
 10490 MTHETA =��� 6457 NPHIH =�� 19824 MPHIA� =�� 15978
�NHPARM =������ 0 NPARM� =������ 0 NNB�� =�� 51187 NRES�� =���� 579
�NBONA� =��� 4783 NTHETA =��� 6457 NPHIA =�� 15978 NUMBND =����� 66
�NUMANG =���� 132 NPTRA� =����� 49 NATYP =����� 47 NPHB�� =������ 0
�IFBOX� =������ 0 NMXRS� =����� 62 IFCAP =������ 0 NEXTRA =������ 0
�NCOPY� =������ 0

�Implicit solvent radii are modified Bondi radii
 (mbondi)��������������������������������������������������

|���� Memory Use���� Allocated
|���� Real������������� 592745
|���� Hollerith��������� 56075
|���� Integer���������� 500704
|���� Max Pairs������������� 1
|���� nblistReal������������
 0
|���� nblist Int������������ 0
|������ Total������������ 6805 kbytes
| Duplicated��� 0 dihedrals
| Duplicated��� 0 dihedrals

--------------------------------------------------------------------------------
�� 2.� CONTROL� DATA� FOR� THE�
 RUN
--------------------------------------------------------------------------------

�������������������������������������������������������������������������������

General flags:
���� imin��� =������ 1, nmropt� =������ 0

Nature and format of input:
���� ntx���� =������ 1, irest�� =������ 0, ntrx���
 =������ 1

Nature and format of output:
���� ntxo��� =������ 1, ntpr��� =����� 50, ntrx��� =������ 1, ntwr��� =���� 500
���� iwrap�� =������ 0, ntwx��� =������ 0, ntwv��� =������ 0, ntwe��� =������ 0
���� ioutfm� =������ 0, ntwprt� =������ 0, idecomp =������ 0, rbornstat=����� 0

Potential function:
���� ntf����
 =������ 1, ntb���� =������ 0, igb���� =����� 10, nsnb��� =�� 99999
���� ipol��� =������ 0, gbsa��� =������ 0, iesp��� =������ 0
���� dielc�� =�� 1.00000, cut���� = 999.00000, intdiel =�� 1.00000
���� scnb��� =�� 2.00000, scee��� =�� 1.20000

Frozen or restrained atoms:
���� ibelly� =������ 0, ntr���� =������ 0

Energy minimization:
���� maxcyc�
 =������ 0, ncyc��� =����� 10, ntmin�� =������ 2
���� dx0���� =�� 0.01000, drms��� =�� 0.00010

�======== Implicit Solvent Initialization ========

���� Max Nonbonded Pairs: 10405125� 2247507 42772001

� no. of atoms processed in PB initialization:������� 9249
� NUM� RESI� NAME� TYPE��� CHARGE ATM CRG/H�� GRP CRG�� PB RADI�� NP RADI
��� 1� LYS�� N���� N3��� 0.096600� 0.746100� 0.862600� 1.550000� 1.550000
��� 2� LYS�� H1��� H���� 0.216500�
 0.000000� 0.000000� 1.300000� 1.300000
��� 3� LYS�� H2��� H���� 0.216500� 0.000000� 0.000000� 1.300000� 1.300000
��� 4� LYS�� H3��� H���� 0.216500� 0.000000� 0.000000� 1.300000� 1.300000
��� 5� LYS�� CA��� CT�� -0.001500� 0.116500� 1.661800� 1.700000� 1.700000
��� 6� LYS�� HA��� HP��� 0.118000� 0.000000� 0.000000� 1.300000� 1.300000
��� 7� LYS�� CB��� CT��� 0.021200� 0.077800� 0.213700� 1.700000� 1.700000
��� 8� LYS�� HB2�� HC��� 0.028300� 0.000000�
 0.000000� 1.300000� 1.300000
.
.
.
246� BIM�� C20�� ca�� -0.101600� 0.043300 -0.012800� 1.700000� 1.700000
�9247� BIM�� H12�� ha��� 0.144900� 0.144900� 0.144900� 1.300000� 1.300000
�9248� BIM�� C21�� ca�� -0.191300 -0.065000 -0.108300� 1.700000� 1.700000
�9249� BIM�� H13�� ha��� 0.126300� 0.126300� 0.126300� 1.300000� 1.300000

�total system charges (+/-) for PB������ -2.9998���� 1123.8366��� -1126.8364
�cavity_surften =������� 0.0072 cavity_offset =�������
 0.0000

� SAS Surface: surface dots generated:��� 366
|� INFO: Old style inpcrd file read
--------------------------------------------------------------------------------
�� 3.� ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES
--------------------------------------------------------------------------------

trajectory generated by ptraj��������������������������������������������������
�begin time read from input coords =���� 0.000 ps

�Number of triangulated 3-point waters found:�������
 0

--------------------------------------------------------------------------------
�� 4.� RESULTS
--------------------------------------------------------------------------------

� NB-update: residue-based nb list� 4087009
� NB-update: atom-based nb list�� 905095


�======== Setting up Grid Parameters ========
�Using bounding box for grid setup
�Bounding Box Center:����� 67.500��� 73.000��� 67.500
�Xmin, Xmax, Xmax-Xmin:��� 20.518�� 114.427��� 93.909
�Ymin, Ymax, Ymax-Ymin:��� 17.394�� 128.517�� 111.123
�Zmin, Zmax, Zmax-Zmin:��� 26.562�� 108.482��� 81.920
�� beginning box center at level����� 1����
 67.500��� 73.000��� 67.500
�� beginning box center at level����� 2���� 67.500��� 73.000��� 67.500
�Grid dimension at level���� 1��� 95� 113�� 83
�Grid origin corrected at level���� 1�� -124.500� -155.000� -100.500
�Grid dimension at level���� 2�� 203� 237� 179
�Grid origin corrected at level���� 2���� 16.500��� 13.500��� 22.500
� SA surface: setting up working radii
� SA surface: found nonzero radii������� 9249
Number of SA srf points exposed133796
�SA Bomb in sa_arc(): Allocation
 aborted���������� 0���������� 0���������� 0
���������� 0��������� 41

I
tried same process by removing calcium zinc ions which are present in
respective system but error remains the same. I also tried considering
ions as ligand, as receptor but no positive result. I also reduced the
protein size by abducting regulatory domain and keeping only active
domain but I could not form the neccessary topology files as removal of
part of protein cause imbalance of hydrogens due to loss of peptide
bond. tleap adds some extra hydrogens on its own but they are not
present in original mdcrd trjectory file so i could not use such
topology files for calculations.

Than you so much for your consideration.
Regards,
Jyotsna



--- On Mon, 5/7/12, Jason Swails <jason.swails.gmail.com> wrote:

From: Jason Swails <jason.swails.gmail.com>
Subject: Re: [AMBER] MMPBSA calculation of large proteins
To: "AMBER Mailing List" <amber.ambermd.org>
Date: Monday, May 7, 2012, 2:14 PM

We need more information.

What version of Amber/AmberTools are you using?� Which MM/PBSA script are
you using?� What is your input file?� What is your *exact* error (not just
part of your error).� Based on the provided information it's impossible to
debug any further.

All the best,
Jason

On Mon, May 7, 2012 at 2:58 AM, Jyotsna Bhat <bhat.jyotsna.yahoo.com> wrote:

> Dear AMBER users,
>� ���I am trying to run MMPBSA script on 10 ns simulation trajectory.( My
> protein-ligand complex system has 579 residues. It is a multidomain
> protein; active domain and regulatory domain are situated far away from
> each other, but linked by a large loop. Ligand is present in an active
> domain).� Extraction of coordinates is done successfully but during binding
> energy calculation job gets aborted at first coordinate only with the error
> "complex_vac.prmtop not successful".I have tried the adjustment with
> fillratio (2,3 or 4) but it didn't help. Waiting for suggestions
> Thank you.Jyotsna
>
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER.ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
>



-- 
Jason M. Swails
Quantum Theory Project,
University of Florida
Ph.D. Candidate
352-392-4032
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Mon May 07 2012 - 10:00:04 PDT
Custom Search