Re: [AMBER] Using Antechamber in order to make prmtop and inpcrd

From: Aditya Setiajid <setiajid11.yahoo.com>
Date: Wed, 22 Feb 2012 14:51:38 +0800 (SGT)

Dear Francois,

I have tried to create prmtop and inpcrd files from pdb which i drew by my self (i drew the structure by symyx draw, the output file is.mol, and then i converted .mol to .pdb using openbabel program)
After that, i want to add hydrogen by using command: reduce file.pbd > file_h.pdb , here is the output file:
USER  MOD reduce.3.14.080821 H: found=0, std=0, add=0, rem=0, adj=0
COMPND    UNNAMED
AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.3.0
HETATM    1  C   LIG     1      11.676 -12.169   0.000  1.00  0.00           C
HETATM    2  C   LIG     1      13.106 -12.169   0.000  1.00  0.00           C
HETATM    3  C   LIG     1      12.392 -11.756   0.000  1.00  0.00           C
HETATM    4  C   LIG     1      13.106 -12.996   0.000  1.00  0.00           C
HETATM    5  C   LIG     1      11.676 -13.000   0.000  1.00  0.00           C
HETATM    6  C   LIG     1      12.394 -13.409   0.000  1.00  0.00           C
HETATM    7  C   LIG     1      13.822 -11.756   0.000  1.00  0.00           C
HETATM    8  N   LIG     1      14.538 -12.169   0.000  1.00  0.00           N
HETATM    9  C   LIG     1      14.538 -12.996   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   10  N   LIG     1      13.822 -13.410   0.000  1.00  0.00           N
HETATM   11  O   LIG     1      13.822 -10.929   0.000  1.00  0.00           O
HETATM   12  C   LIG     1      15.255 -11.756   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   13  C   LIG     1      15.255 -10.929   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   14  C   LIG     1      15.971 -12.169   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   15  C   LIG     1      16.687 -11.756   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   16  C   LIG     1      15.971 -10.515   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   17  C   LIG     1      16.687 -10.929   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   18  C   LIG     1      15.255 -13.410   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   19  C   LIG     1      15.971 -12.996   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   20  C   LIG     1      16.687 -13.410   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   21  C   LIG     1      17.403 -12.996   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   22  C   LIG     1      18.119 -13.410   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   23  C   LIG     1      18.119 -14.236   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   24  S   LIG     1      18.836 -14.650   0.000  1.00  0.00           S
HETATM   25  C   LIG     1      17.403 -14.650   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   26  C   LIG     1      16.687 -14.236   0.000  1.00  0.00           C
HETATM   27  O   LIG     1      19.552 -14.236   0.000  1.00  0.00           O
HETATM   28  O   LIG     1      18.836 -15.477   0.000  1.00  0.00           O
HETATM   29  N   LIG     1      19.552 -15.063   0.000  1.00  0.00           N
TER
END

Why it was different from the sustiva/efavirenz output file which was from antechamber tutorial by Ross Walker and Sishi Tang? in my output file, there were no NEW Hydrogen? is it ok or not if there were no NEW hydrogen?

Here is the file from the antechamber tutorial:



USER  MOD reduce.3.14.080821 H: found=0, std=0, add=9, rem=0, adj=0
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE EFZ A 999
HETATM 7759 CL   EFZ A 999      -4.685 -32.725  25.222  1.00 50.93          CL
HETATM 7760  F1  EFZ A 999      -0.755 -36.632  25.697  1.00 62.80           F
HETATM 7761  F2  EFZ A 999       1.078 -37.043  24.672  1.00 70.73           F
HETATM 7762  F3  EFZ A 999      -0.784 -37.177  23.626  1.00 75.12           F
HETATM 7763  O1  EFZ A 999       1.524 -34.934  20.910  1.00 73.73           O
HETATM 7764  O2  EFZ A 999       0.989 -34.880  23.058  1.00 73.24           O
HETATM 7765  N   EFZ A 999      -0.681 -34.971  21.434  1.00 71.12           N
HETATM 7766  C1  EFZ A 999      -1.662 -34.414  22.313  1.00 71.29           C
HETATM 7767  C2  EFZ A 999      -2.915 -33.947  21.843  1.00 72.17           C
HETATM 7768  C3  EFZ A 999      -3.838 -33.423  22.771  1.00 71.25           C
HETATM 7769  C4  EFZ A 999      -3.533 -33.373  24.119  1.00 63.88           C
HETATM 7770  C5  EFZ A 999      -2.310 -33.829  24.593  1.00 63.40           C
HETATM 7771  C6  EFZ A 999      -1.386 -34.378  23.681  1.00 68.96           C
HETATM 7772  C7  EFZ A 999      -0.002 -34.957  24.144  1.00 71.35           C
HETATM 7773  C8  EFZ A 999       0.552 -34.236  25.315  1.00 75.97           C
HETATM 7774  C9  EFZ A 999       0.985 -33.657  26.241  1.00 81.31           C
HETATM 7775  C10 EFZ A 999       1.605 -32.802  27.586  1.00 80.51           C
HETATM 7776  C11 EFZ A 999       2.808 -33.083  27.639  1.00 83.59           C
HETATM 7777  C12 EFZ A 999       2.404 -31.980  27.123  1.00 79.58           C
HETATM 7778  C13 EFZ A 999      -0.121 -36.472  24.539  1.00 72.76           C
HETATM 7779  C14 EFZ A 999       0.665 -34.932  21.725  1.00 70.58           C
HETATM    0 H122 EFZ A 999       2.472 -31.798  26.040  1.00 79.58           H   new
HETATM    0 H121 EFZ A 999       2.585 -31.017  27.623  1.00 79.58           H   new
HETATM    0 H112 EFZ A 999       3.348 -33.100  28.597  1.00 83.59           H   new
HETATM    0 H111 EFZ A 999       3.235 -33.882  27.015  1.00 83.59           H   new
HETATM    0 H101 EFZ A 999       0.784 -32.761  28.317  1.00 80.51           H   new
HETATM    0  HN  EFZ A 999      -0.981 -35.402  20.583  1.00 71.12           H   new
HETATM    0  H5  EFZ A 999      -2.066 -33.763  25.664  1.00 63.40           H   new
HETATM    0  H3  EFZ A 999      -4.811 -33.050  22.419  1.00 71.25           H   new
HETATM    0  H2  EFZ A 999      -3.163 -33.993  20.772  1.00 72.17           H   new
TER
END


Regards, Aditya Setiajid


________________________________
 From: FyD <fyd.q4md-forcefieldtools.org>
To: AMBER Mailing List <amber.ambermd.org>
Sent: Wednesday, February 22, 2012 1:10 PM
Subject: Re: [AMBER] Using Antechamber in order to make prmtop and inpcrd
 
Dear Aditya Setiajid,

I wonder if you drew your molecule and consequently generated a 
structure in 2 dimensions (2D)... I would construct a structure in 3D 
using xLEaP from AmberTools, using Javaapplet & Jmol, using whatever 
existing tool etc...

for LEaP, you should generate a PDB file format for your input PDB 
molecule. I do not think LEaP does understand the mol fle format.

regards, Francois


> Hi, i'm newbie in using amber suite.. now i'm using amber 11..
>
> I want to ask how to make prmtop and inpcrd for the ligand that 
> drawn by our self? I drawn the ligand using symyx draw, the output 
> file is .mol, here is the file:
>
>   SMMXDraw02141214502D
>
>  29 32  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
>    11.6762  -12.1694    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    13.1058  -12.1690    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    12.3924  -11.7562    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    13.1058  -12.9960    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    11.6762  -12.9997    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    12.3942  -13.4087    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    13.8220  -11.7555    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    14.5382  -12.1690    0.0000 N   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    14.5382  -12.9960    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    13.8220  -13.4095    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    13.8220  -10.9285    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    15.2545  -11.7555    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    15.2545  -10.9285    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    15.9707  -12.1690    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    16.6869  -11.7555    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    15.9707  -10.5149    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    16.6869  -10.9285    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    15.2545  -13.4095    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    15.9707  -12.9960    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    16.6869  -13.4095    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    17.4031  -12.9960    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    18.1193  -13.4095    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    18.1193  -14.2365    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    18.8355  -14.6500    0.0000 S   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    17.4031  -14.6500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    16.6869  -14.2365    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    19.5518  -14.2365    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    18.8355  -15.4770    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    19.5518  -15.0635    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>   6  4  1  0  0  0  0
>   5  6  2  0  0  0  0
>   2  3  1  0  0  0  0
>   1  5  1  0  0  0  0
>   4  2  2  0  0  0  0
>   3  1  2  0  0  0  0
>   2  7  1  0  0  0  0
>   7  8  1  0  0  0  0
>   8  9  1  0  0  0  0
>   9 10  2  0  0  0  0
>   4 10  1  0  0  0  0
>   7 11  2  0  0  0  0
>   8 12  1  0  0  0  0
>  12 13  2  0  0  0  0
>  12 14  1  0  0  0  0
>  14 15  2  0  0  0  0
>  13 16  1  0  0  0  0
>  16 17  2  0  0  0  0
>   9 18  1  0  0  0  0
>  18 19  2  0  0  0  0
>  19 20  1  0  0  0  0
>  20 21  2  0  0  0  0
>  21 22  1  0  0  0  0
>  22 23  2  0  0  0  0
>  23 24  1  0  0  0  0
>  23 25  1  0  0  0  0
>  25 26  2  0  0  0  0
>  24 27  2  0  0  0  0
>  24 28  2  0  0  0  0
>  24 29  1  0  0  0  0
>  17 15  1  0  0  0  0
>  20 26  1  0  0  0  0
> M  END
>
> when i want to use command reduce to add all the hydrogen atoms to 
> the mole file, why it was different from the antechamber tutorial by 
>  ross walker and sishi tang? is it different when we want to use 
> ligand file between file that we drawn by ourself using symyx draw 
> and file from www.pdb.org?



_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
Received on Tue Feb 21 2012 - 23:00:01 PST
Custom Search