Dear Amber users,
I have created prep and frcmod files for zinc in CCCH environment using ZAFF and have couple of troubles.
1. I get kind of errors about IMPROPER line, not sure how that is important.
> loadamberprep ZN2.prep
Loading Prep file: ./ZN2.prep
** got 3 atoms from IMPROPER line ( CA N H
) - expected 4 (skipping line)
2. When I start saving topology many parameters turn out to be missing.
Building bond parameters.
Could not find bond parameter for: SH - ZN
Could not find bond parameter for: NA - ZN
Could not find bond parameter for: SH - ZN
Could not find bond parameter for: SH - ZN
Building angle parameters.
Could not find angle parameter: SH - ZN - NA
Could not find angle parameter: SH - ZN - SH
Could not find angle parameter: SH - ZN - SH
Could not find angle parameter: CT - SH - ZN
Could not find angle parameter: CR - NA - ZN
Could not find angle parameter: H - NA - ZN
Could not find angle parameter: NA - ZN - SH
Could not find angle parameter: NA - ZN - SH
Could not find angle parameter: CC - NA - ZN
Could not find angle parameter: SH - ZN - SH
Could not find angle parameter: CT - SH - ZN
Could not find angle parameter: CT - SH - ZN
Building proper torsion parameters.
** No torsion terms for SH-ZN-NA-CC
** No torsion terms for SH-ZN-NA-H
** No torsion terms for SH-ZN-NA-CR
** No torsion terms for SH-ZN-SH-CT
** No torsion terms for SH-ZN-SH-CT
** No torsion terms for CT-SH-ZN-NA
** No torsion terms for CT-SH-ZN-SH
** No torsion terms for CT-SH-ZN-SH
** No torsion terms for CR-NA-ZN-SH
** No torsion terms for CR-NA-ZN-SH
** No torsion terms for H-NA-ZN-SH
** No torsion terms for H-NA-ZN-SH
** No torsion terms for NA-ZN-SH-CT
** No torsion terms for NA-ZN-SH-CT
** No torsion terms for CC-NA-ZN-SH
** No torsion terms for CC-NA-ZN-SH
** No torsion terms for SH-ZN-SH-CT
** No torsion terms for CT-SH-ZN-SH
Building improper torsion parameters.
total 726 improper torsions applied
Building H-Bond parameters.
Parameter file was not saved.
----------------------------------------------
What can be the problem? .bcl, .prep and .lib, .frcmod files are below
--------------------------------------------------
FILE: .bcl
loadParam /home/voronkov/amber11/dat/mtkpp/parm94.xml
loadParam /home/voronkov/amber11/dat/mtkpp/parm_gaff.xml
loadParam /home/voronkov/amber11/dat/mtkpp/metals/metalParm.xml
loadParam /home/voronkov/amber11/dat/mtkpp/ZAFF/ZAFF_parm.xml
writeFrcmodFile ZAFF.frcmod ZAFF
loadLib /home/voronkov/amber11/dat/mtkpp/ZAFF/ZAFF.xml
writePrepFile ZAFF.prep Zn-CCCH
quit
----------------------------------------------------------
FILE: ZN2.prep
1 1 2
Zn-CCCH fragment set created by MTK++/MCPB
CYSTEINE with negative charge
CY2 INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 .0 .0 .00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 .0 .0 .00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.1 .0 .00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.46300
5 HN H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.25200
6 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 0.03500
7 HA H1 E 6 4 3 1.090 109.500 300.000 0.04800
8 CB CT 3 6 4 3 1.525 111.100 60.000 -0.32484
9 HB3 H1 E 8 6 4 1.090 109.500 60.000 0.17553
10 HB2 H1 E 8 6 4 1.090 109.500 300.000 0.17553
11 SG S2 E 8 6 4 1.810 116.000 180.000 -0.47287
12 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.61600
13 O O E 12 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.50400
DONE
HISTIDINE EPSILONH
HE1 INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 .0 .0 .00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 .0 .0 .00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.1 .0 .00000
4 N N M 3 2 1 1.335 116.600 180.000 -0.41570
5 H H E 4 3 2 1.010 119.800 0.000 0.27190
6 CA CT M 4 3 2 1.449 121.900 180.000 -0.05810
7 HA H1 E 6 4 3 1.090 109.500 300.000 0.13600
8 CB CT 3 6 4 3 1.525 111.100 60.000 -0.39023
9 HB2 HC E 8 6 4 1.090 109.500 300.000 0.17670
10 HB3 HC E 8 6 4 1.090 109.500 60.000 0.17670
11 CG CC S 8 6 4 1.510 115.000 180.000 0.17220
12 ND1 N1 S 11 8 6 1.390 122.000 180.000 -0.21863
13 CE1 CR B 12 11 8 1.320 108.000 180.000 0.02565
14 HE1 H5 E 13 12 11 1.090 120.000 180.000 0.12545
15 NE2 NA B 13 12 11 1.310 109.000 0.000 -0.13860
16 HE2 H E 15 13 12 1.010 125.000 180.000 0.30074
17 CD2 CW S 15 13 12 1.360 110.000 0.000 -0.24025
18 HD2 H4 E 17 15 13 1.090 120.000 180.000 0.16438
19 C C M 6 4 3 1.522 111.100 180.000 0.59730
20 O O E 19 6 4 1.229 120.500 0.000 -0.56790
LOOP
CG CD2
IMPROPER
CA N H
CE1 CD2 NE2 HE2
CG NE2 CD2 HD2
ND1 NE2 CE1 HE1
DONE
Zinc(II) Ion
ZN2 INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.00000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.000 .0 .0 .00000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.449 .0 .0 .00000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.522 111.1 .0 .00000
4 ZN ZN M 3 2 1 1.000 90.000 180.000 0.50194
DONE
STOP
----------------------------------------------------------
FILE: ZN2.lib
!!index array str
"ZN2"
!entry.ZN2.unit.atoms table str name str type int typex int resx int flags int seq int elmnt dbl chg
"ZN" "ZN" 0 1 131072 1 -1 0.501940
!entry.ZN2.unit.atomspertinfo table str pname str ptype int ptypex int pelmnt dbl pchg
"ZN" "ZN" 0 -1 0.0
!entry.ZN2.unit.boundbox array dbl
-1.000000
0.0
0.0
0.0
0.0
!entry.ZN2.unit.childsequence single int
2
!entry.ZN2.unit.connect array int
1
1
!entry.ZN2.unit.hierarchy table str abovetype int abovex str belowtype int belowx
"U" 0 "R" 1
"R" 1 "A" 1
!entry.ZN2.unit.name single str
"ZN2"
!entry.ZN2.unit.positions table dbl x dbl y dbl z
2.929870 1.059958 -1.346410E-06
!entry.ZN2.unit.residueconnect table int c1x int c2x int c3x int c4x int c5x int c6x
1 1 0 0 0 0
!entry.ZN2.unit.residues table str name int seq int childseq int startatomx str restype int imagingx
"ZN2" 1 2 1 "?" 0
!entry.ZN2.unit.residuesPdbSequenceNumber array int
0
!entry.ZN2.unit.solventcap array dbl
-1.000000
0.0
0.0
0.0
0.0
!entry.ZN2.unit.velocities table dbl x dbl y dbl z
0.0 0.0 0.0
----------------------------------------------------------
FILE: ZN2.frcmod
ZAFF parameter set created by MTK++/MCPB
MASS
ZN 65.400
S1 32.060
S2 32.060
N1 14.010
S3 32.060
N2 14.010
S4 32.060
N3 14.010
S5 32.060
N4 14.010
N5 14.010
N6 14.010
N7 14.010
O1 16.000
N8 14.010
N9 14.010
N0 14.010
O2 16.000
NT 14.010
O3 16.000
NY 14.010
O4 16.000
E1 14.010
D1 16.000
NQ 14.010
NP 14.010
E2 14.010
D2 16.000
NR 14.010
BOND
ZN-S1 35.64 2.426
ZN-S2 52.38 2.355
ZN-N1 29.28 2.176
ZN-S3 52.98 2.353
ZN-N2 35.75 2.145
ZN-S4 71.45 2.305
ZN-N3 50.39 2.089
ZN-S5 84.28 2.262
ZN-N4 63.92 2.047
ZN-D1 39.27 2.109
ZN-E1 38.61 2.133
ZN-D2 66.65 1.986
ZN-NQ 70.28 2.028
ZN-NP 71.39 2.027
ZN-E2 54.10 2.073
ZN-NR 78.50 2.011
ZN-N5 95.15 1.978
ZN-N6 91.76 1.982
ZN-N7 89.69 1.984
ZN-O1 41.43 2.112
ZN-N8 69.29 2.029
ZN-N9 64.50 2.040
ZN-N0 63.17 2.041
ZN-O2 151.80 1.860
ZN-NT 110.78 1.947
ZN-O3 54.78 2.054
ZN-NY 124.53 1.926
ZN-O4 67.45 2.011
CT-S1 237.00 1.810
HS-S1 274.00 1.336
CT-S2 237.00 1.810
HS-S2 274.00 1.336
CB-N1 414.00 1.391
CK-N1 529.00 1.304
CC-N1 410.00 1.394
CR-N1 488.00 1.335
CV-N1 410.00 1.394
CT-S3 237.00 1.810
HS-S3 274.00 1.336
CB-N2 414.00 1.391
CK-N2 529.00 1.304
CC-N2 410.00 1.394
CR-N2 488.00 1.335
CV-N2 410.00 1.394
CT-S4 237.00 1.810
HS-S4 274.00 1.336
CB-N3 414.00 1.391
CK-N3 529.00 1.304
CC-N3 410.00 1.394
CR-N3 488.00 1.335
CV-N3 410.00 1.394
CT-S5 237.00 1.810
HS-S5 274.00 1.336
CB-N4 414.00 1.391
CK-N4 529.00 1.304
CC-N4 410.00 1.394
CR-N4 488.00 1.335
CV-N4 410.00 1.394
CB-N5 414.00 1.391
CK-N5 529.00 1.304
CC-N5 410.00 1.394
CR-N5 488.00 1.335
CV-N5 410.00 1.394
CB-N6 414.00 1.391
CK-N6 529.00 1.304
CC-N6 410.00 1.394
CR-N6 488.00 1.335
CV-N6 410.00 1.394
CB-N7 414.00 1.391
CK-N7 529.00 1.304
CC-N7 410.00 1.394
CR-N7 488.00 1.335
CV-N7 410.00 1.394
O1-HW 553.00 0.957
CB-N8 414.00 1.391
CK-N8 529.00 1.304
CC-N8 410.00 1.394
CR-N8 488.00 1.335
CV-N8 410.00 1.394
CB-N9 414.00 1.391
CK-N9 529.00 1.304
CC-N9 410.00 1.394
CR-N9 488.00 1.335
CV-N9 410.00 1.394
CB-N0 414.00 1.391
CK-N0 529.00 1.304
CC-N0 410.00 1.394
CR-N0 488.00 1.335
CV-N0 410.00 1.394
O2-HW 553.00 0.957
O2-HO 587.61 0.967
CB-NT 414.00 1.391
CK-NT 529.00 1.304
CC-NT 410.00 1.394
CR-NT 488.00 1.335
CV-NT 410.00 1.394
O3-HW 553.00 0.957
CB-NY 414.00 1.391
CK-NY 529.00 1.304
CC-NY 410.00 1.394
CR-NY 488.00 1.335
CV-NY 410.00 1.394
O4-HW 553.00 0.957
CB-E1 414.00 1.391
CK-E1 529.00 1.304
CC-E1 410.00 1.394
CR-E1 488.00 1.335
CV-E1 410.00 1.394
C -D1 656.00 1.250
D1-P 525.00 1.480
CB-NQ 414.00 1.391
CK-NQ 529.00 1.304
CC-NQ 410.00 1.394
CR-NQ 488.00 1.335
CV-NQ 410.00 1.394
CB-NP 414.00 1.391
CK-NP 529.00 1.304
CC-NP 410.00 1.394
CR-NP 488.00 1.335
CV-NP 410.00 1.394
CB-E2 414.00 1.391
CK-E2 529.00 1.304
CC-E2 410.00 1.394
CR-E2 488.00 1.335
CV-E2 410.00 1.394
C -D2 656.00 1.250
D2-P 525.00 1.480
CB-NR 414.00 1.391
CK-NR 529.00 1.304
CC-NR 410.00 1.394
CR-NR 488.00 1.335
CV-NR 410.00 1.394
ANGL
CT-S1-ZN 56.750 101.730
S1-ZN-S1 36.760 109.470
CT-S2-ZN 55.060 102.600
S2-ZN-S2 40.000 115.180
S2-ZN-N1 37.840 102.920
CR-N1-ZN 58.500 118.830
CC-N1-ZN 62.040 133.970
CT-S3-ZN 52.280 101.850
S3-ZN-S3 36.080 116.420
S3-ZN-N2 35.480 101.220
CV-N2-ZN 53.630 128.390
CR-N2-ZN 53.310 124.870
CR-N3-ZN 55.460 123.510
CV-N3-ZN 55.760 129.670
S4-ZN-N3 39.170 103.040
CT-S4-ZN 43.860 104.860
N3-ZN-N3 29.010 106.850
S4-ZN-S4 52.180 135.470
CV-N4-ZN 58.680 127.160
N4-ZN-N4 37.680 105.810
CR-N4-ZN 57.820 126.180
CT-S5-ZN 58.220 104.330
S5-ZN-N4 37.890 112.980
E1-ZN-E1 28.480 96.990
CR-E1-ZN 52.360 119.550
CC-E1-ZN 51.520 131.750
D1-ZN-E1 40.120 97.450
D1-ZN-D1 57.770 155.530
C -D1-ZN 120.100 91.300
CR-E2-ZN 51.370 115.960
CC-E2-ZN 54.590 136.980
CV-NP-ZN 56.650 130.130
NQ-ZN-NP 31.550 120.040
NQ-ZN-E2 34.460 105.370
CR-NP-ZN 56.230 123.270
CV-NQ-ZN 59.610 130.170
D2-ZN-NQ 37.290 113.190
D2-ZN-NP 35.420 113.250
D2-ZN-E2 37.090 95.810
NP-ZN-E2 34.670 105.440
CR-NQ-ZN 59.210 123.300
C -D2-ZN 105.360 100.500
CR-NR-ZN 51.720 127.270
CV-NR-ZN 53.020 126.450
NR-ZN-NR 35.240 109.480
CR-N7-ZN 62.050 125.140
CC-N7-ZN 62.470 127.730
CV-N6-ZN 55.440 126.100
N5-ZN-N6 32.590 109.640
N5-ZN-N7 37.780 123.190
N5-ZN-O1 29.050 100.450
N7-ZN-O1 42.030 98.190
CR-N6-ZN 52.740 127.600
CV-N5-ZN 58.940 125.320
HW-O1-ZN 32.180 125.340
N6-ZN-N7 33.950 113.480
N6-ZN-O1 33.600 109.530
CR-N5-ZN 59.560 128.300
CR-N0-ZN 61.570 113.620
CC-N0-ZN 64.940 138.860
CV-N9-ZN 62.860 139.180
N8-ZN-N9 37.510 106.050
N8-ZN-N0 37.170 107.500
N8-ZN-O2 29.990 124.850
N0-ZN-O2 28.780 100.380
CR-N9-ZN 60.020 114.160
CV-N8-ZN 59.190 126.590
HO-O2-ZN 23.820 116.650
N9-ZN-N0 34.150 116.020
N9-ZN-O2 28.180 102.660
CR-N8-ZN 58.650 126.720
HW-O3-ZN 36.330 124.700
CV-NT-ZN 51.650 124.360
NT-ZN-NT 27.570 121.970
NT-ZN-O3 32.680 108.520
CR-NT-ZN 51.920 129.160
O3-ZN-O3 23.630 98.030
O4-ZN-O4 30.250 100.670
NY-ZN-O4 36.200 117.230
HW-O4-ZN 39.800 125.110
CR-NY-ZN 50.280 125.910
CC-NY-ZN 51.890 126.610
H1-CT-S1 50.000 109.500
CT-CT-S1 50.000 108.600
CT-S1-HS 43.000 96.000
HS-S1-HS 35.000 92.070
H1-CT-S2 50.000 109.500
CT-CT-S2 50.000 108.600
CT-S2-HS 43.000 96.000
HS-S2-HS 35.000 92.070
C -CB-N1 70.000 130.000
CA-CB-N1 70.000 132.400
CB-CB-N1 70.000 110.400
H5-CK-N1 35.000 123.050
N*-CK-N1 70.000 113.900
CT-CC-N1 70.000 120.000
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DIHE
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NONB
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NP 1.82 0.170
E2 1.82 0.170
D2 1.66 0.210
NR 1.82 0.170
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If...anyone will get to the end of the message...
Best regards,
Andrew
_______________________________________________
AMBER mailing list
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Received on Thu Nov 10 2011 - 13:30:06 PST
