Thank you for your answer.
Your script does not work.
Here I'll report a part of the output file.
Thank you
Elisa
TPPleumag: initial minimisation prior to MD
&cntrl
IMIN=1, MAXCYC=1,
.............
/
Residues considered as Ligand
LRES 1 1
END
Residues considered as Receptor
RRES 2 6
END
Residues to print
RES 2 6
END
END
......................
--------------------------------------------------------------------------------
2. CONTROL DATA FOR THE RUN
--------------------------------------------------------------------------------
.............
LOADING THE DECOMP ATOMS AS GROUPS
----- READING GROUP 1; TITLE:
Residues considered as Ligand
Number of atoms in this group = 0
----- READING GROUP 1; TITLE:
Residues considered as Receptor
Number of atoms in this group = 0
----- READING GROUP 1; TITLE:
Residues to print
GRP 1 RES 2 TO 6
Number of atoms in this group = 76
2011/7/27 Jason Swails <jason.swails.gmail.com>
> In your case, you were not supposed to use both LRES and RRES. The only
> atoms that get printed are those specified by RES. What I suggested was to
> use the input file created by MMPBSA.py as a template for yours (is there a
> reason you don't just use MMPBSA.py instead of trying to do it by hand?)
>
> An example of what you should use at the end of your input file as the
> GROUP
> input:
>
> Input file
> &cntrl
> put_variables=here,
> /
> Residues considered as Ligand
> LRES 1 1
> END
> Residues considered as Receptor
> RRES 2 *last residue (30?)*
> END
> Residues to print
> RES 2 6
> END
> END
>
> Does that work?
>
> HTH,
> Jason
>
> On Wed, Jul 27, 2011 at 3:36 PM, Elisa Frezza <elisa.frezza.gmail.com
> >wrote:
>
> > Dear Jason
> >
> > Thank you for your answer and your suggestion.
> > I tried to use LRES and RRES, but in output there is written no atoms in
> > this case, and I do not know why.
> >
> >
> > Elisa
> >
> > Il giorno 27/lug/2011, alle ore 21:33, Jason Swails ha scritto:
> >
> > > You need to use LRES and RRES where applicable (not just RES, which
> > details
> > > what you want printed). My suggestion is to use either MMPBSA.py or
> > > mm_pbsa.pl to create input files to examine and see what they do.
> > >
> > > HTH,
> > > Jason
> > >
> > >
> > > On Wed, Jul 27, 2011 at 9:28 AM, Elisa Frezza <elisa.frezza.gmail.com
> > >wrote:
> > >
> > >> Dear Amber Users,
> > >>
> > >> I would like to decompose energy contributions on a pairwise res-type
> > basis
> > >> and I would like to have only some residues information in output, but
> > when
> > >> I run the script, I'll obtain every pairwise per-residue
> contributions.
> > >> What
> > >> may I do? What is wrong in my input file?
> > >>
> > >> I'll report my input and output files in following.
> > >>
> > >> Thank you in advance
> > >>
> > >> Elisa
> > >>
> > >>
> > >> TPPleumag: initial minimisation prior to MD
> > >> &cntrl
> > >> IMIN=1, MAXCYC=1,
> > >> ntb = 0 ,
> > >> igb = 5,
> > >> gbsa = 1 ,
> > >> cut = 12 ,
> > >> ig = -1,
> > >> alpb = 1,
> > >> saltcon = 0.15,
> > >> idecomp = 3
> > >> /
> > >> Ligand
> > >> RES 1 1
> > >> END
> > >> Protein
> > >> RES 2 6
> > >> END
> > >> END
> > >>
> > >> The ouput is :
> > >>
> > >> LOADING THE DECOMP ATOMS AS GROUPS
> > >>
> > >> ----- READING GROUP 1; TITLE:
> > >> Ligand
> > >>
> > >> GRP 1 RES 1 TO 1
> > >> Number of atoms in this group = 79
> > >> ----- READING GROUP 2; TITLE:
> > >> Protein
> > >>
> > >> GRP 2 RES 2 TO 6
> > >> Number of atoms in this group = 76
> > >> ----- END OF GROUP READ -----
> > >> Atom 1 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 2 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 3 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 4 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 5 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 6 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 7 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 8 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 9 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 10 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 11 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 12 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 13 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 14 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 15 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 16 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 17 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 18 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 19 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 20 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 21 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 22 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 23 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 24 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 25 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 26 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 27 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 28 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 29 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 30 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 31 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 32 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 33 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 34 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 35 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 36 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 37 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 38 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 39 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 40 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 41 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 42 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 43 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 44 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 45 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 46 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 47 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 48 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 49 ( 1 ) : 31 1
> > >> Atom 50 ( 1 ) : 31 1
> > >> Atom 51 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 52 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 53 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 54 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 55 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 56 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 57 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 58 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 59 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 60 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 61 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 62 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 63 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 64 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 65 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 66 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 67 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 68 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 69 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 70 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 71 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 72 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 73 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 74 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 75 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 76 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 77 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 78 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 79 ( 1 ) : 1 1
> > >> Atom 80 ( 2 ) : 32 1
> > >> Atom 81 ( 2 ) : 32 1
> > >> Atom 82 ( 2 ) : 32 1
> > >> Atom 83 ( 2 ) : 32 1
> > >> Atom 84 ( 2 ) : 32 1
> > >> Atom 85 ( 2 ) : 32 1
> > >> Atom 86 ( 2 ) : 32 1
> > >> Atom 87 ( 3 ) : 33 1
> > >> Atom 88 ( 3 ) : 33 1
> > >> Atom 89 ( 3 ) : 33 1
> > >> Atom 90 ( 3 ) : 33 1
> > >> Atom 91 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 92 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 93 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 94 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 95 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 96 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 97 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 98 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 99 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 100 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 101 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 102 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 103 ( 3 ) : 3 1
> > >> Atom 104 ( 3 ) : 33 1
> > >> Atom 105 ( 3 ) : 33 1
> > >> Atom 106 ( 4 ) : 34 1
> > >> Atom 107 ( 4 ) : 34 1
> > >> Atom 108 ( 4 ) : 34 1
> > >> Atom 109 ( 4 ) : 34 1
> > >> Atom 110 ( 4 ) : 34 1
> > >> Atom 111 ( 4 ) : 34 1
> > >> Atom 112 ( 4 ) : 34 1
> > >> Atom 113 ( 5 ) : 35 1
> > >> Atom 114 ( 5 ) : 35 1
> > >> Atom 115 ( 5 ) : 35 1
> > >> Atom 116 ( 5 ) : 35 1
> > >> Atom 117 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 118 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 119 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 120 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 121 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 122 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 123 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 124 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 125 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 126 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 127 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 128 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 129 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 130 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 131 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 132 ( 5 ) : 5 1
> > >> Atom 133 ( 5 ) : 35 1
> > >> Atom 134 ( 5 ) : 35 1
> > >> Atom 135 ( 6 ) : 36 1
> > >> Atom 136 ( 6 ) : 36 1
> > >> Atom 137 ( 6 ) : 36 1
> > >> Atom 138 ( 6 ) : 36 1
> > >> Atom 139 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 140 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 141 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 142 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 143 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 144 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 145 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 146 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 147 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 148 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 149 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 150 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 151 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 152 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 153 ( 6 ) : 36 1
> > >> Atom 154 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 155 ( 6 ) : 6 1
> > >> Atom 156 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 157 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 158 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 159 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 160 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 161 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 162 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 163 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 164 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 165 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 166 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 167 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 168 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 169 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 170 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 171 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 172 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 173 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 174 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 175 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 176 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 177 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 178 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 179 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 180 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 181 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 182 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 183 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 184 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 185 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 186 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 187 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 188 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 189 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 190 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 191 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 192 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 193 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 194 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 195 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 196 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 197 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 198 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 199 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 200 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 201 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 202 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 203 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 204 ( 7 ) : 37 1
> > >> Atom 205 ( 7 ) : 37 1
> > >> Atom 206 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 207 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 208 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 209 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 210 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 211 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 212 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 213 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 214 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 215 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 216 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 217 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 218 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 219 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 220 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 221 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 222 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 223 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 224 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 225 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 226 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 227 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 228 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 229 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 230 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 231 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 232 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 233 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 234 ( 7 ) : 7 1
> > >> Atom 235 ( 8 ) : 38 1
> > >> Atom 236 ( 8 ) : 38 1
> > >> Atom 237 ( 8 ) : 38 1
> > >> Atom 238 ( 8 ) : 38 1
> > >> Atom 239 ( 8 ) : 38 1
> > >> Atom 240 ( 8 ) : 38 1
> > >> Atom 241 ( 8 ) : 38 1
> > >> Atom 242 ( 9 ) : 39 1
> > >> Atom 243 ( 9 ) : 39 1
> > >> Atom 244 ( 9 ) : 39 1
> > >> Atom 245 ( 9 ) : 39 1
> > >> Atom 246 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 247 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 248 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 249 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 250 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 251 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 252 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 253 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 254 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 255 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 256 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 257 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 258 ( 9 ) : 9 1
> > >> Atom 259 ( 9 ) : 39 1
> > >> Atom 260 ( 9 ) : 39 1
> > >> Atom 261 ( 10 ) : 40 1
> > >> Atom 262 ( 10 ) : 40 1
> > >> Atom 263 ( 10 ) : 40 1
> > >> Atom 264 ( 10 ) : 40 1
> > >> Atom 265 ( 10 ) : 40 1
> > >> Atom 266 ( 10 ) : 40 1
> > >> Atom 267 ( 10 ) : 40 1
> > >> Atom 268 ( 11 ) : 41 1
> > >> Atom 269 ( 11 ) : 41 1
> > >> Atom 270 ( 11 ) : 41 1
> > >> Atom 271 ( 11 ) : 41 1
> > >> Atom 272 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 273 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 274 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 275 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 276 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 277 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 278 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 279 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 280 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 281 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 282 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 283 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 284 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 285 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 286 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 287 ( 11 ) : 11 1
> > >> Atom 288 ( 11 ) : 41 1
> > >> Atom 289 ( 11 ) : 41 1
> > >> Atom 290 ( 12 ) : 42 1
> > >> Atom 291 ( 12 ) : 42 1
> > >> Atom 292 ( 12 ) : 42 1
> > >> Atom 293 ( 12 ) : 42 1
> > >> Atom 294 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 295 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 296 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 297 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 298 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 299 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 300 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 301 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 302 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 303 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 304 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 305 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 306 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 307 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 308 ( 12 ) : 42 1
> > >> Atom 309 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 310 ( 12 ) : 12 1
> > >> Atom 311 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 312 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 313 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 314 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 315 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 316 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 317 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 318 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 319 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 320 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 321 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 322 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 323 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 324 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 325 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 326 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 327 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 328 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 329 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 330 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 331 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 332 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 333 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 334 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 335 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 336 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 337 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 338 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 339 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 340 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 341 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 342 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 343 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 344 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 345 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 346 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 347 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 348 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 349 ( 13 ) : 13 1
> > >> Atom 350 ( 13 ) : 13 1
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> > >> Atom 741 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 742 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 743 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 744 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 745 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 746 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 747 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 748 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 749 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 750 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 751 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 752 ( 29 ) : 29 1
> > >> Atom 753 ( 29 ) : 59 1
> > >> Atom 754 ( 29 ) : 59 1
> > >> Atom 755 ( 30 ) : 60 1
> > >> Atom 756 ( 30 ) : 60 1
> > >> Atom 757 ( 30 ) : 60 1
> > >> Atom 758 ( 30 ) : 60 1
> > >> Atom 759 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 760 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 761 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 762 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 763 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 764 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 765 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 766 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 767 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 768 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 769 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 770 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 771 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 772 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 773 ( 30 ) : 60 1
> > >> Atom 774 ( 30 ) : 30 1
> > >> Atom 775 ( 30 ) : 30 1
> > >>
> > >>
> > >>
> >
> --------------------------------------------------------------------------------
> > >> 4. RESULTS
> > >>
> > >>
> >
> --------------------------------------------------------------------------------
> > >>
> > >>
> > >>
> > >> NSTEP ENERGY RMS GMAX NAME
> NUMBER
> > >> 1 -3.0184E+00 1.9656E+01 8.8916E+01 CG3 37
> > >>
> > >> BOND = 197.2696 ANGLE = 362.5685 DIHED =
> > >> 565.6648
> > >> VDWAALS = -219.0108 EEL = -1573.2361 EGB =
> > >> -570.3794
> > >> 1-4 VDW = 197.7494 1-4 EEL = 1016.8308 RESTRAINT =
> > >> 0.0000
> > >> ESURF = 19.5249
> > >>
> > >>
> > >> Maximum number of minimization cycles reached.
> > >>
> > >>
> > >> FINAL RESULTS
> > >>
> > >>
> > >>
> > >> NSTEP ENERGY RMS GMAX NAME
> NUMBER
> > >> 1 -3.0184E+00 1.9656E+01 8.8916E+01 CG3 37
> > >>
> > >> BOND = 197.2696 ANGLE = 362.5685 DIHED =
> > >> 565.6648
> > >> VDWAALS = -219.0108 EEL = -1573.2361 EGB =
> > >> -570.3794
> > >> 1-4 VDW = 197.7494 1-4 EEL = 1016.8308 RESTRAINT =
> > >> 0.0000
> > >> ESURF = 19.5249
> > >>
> > >>
> > >> CHECK DECOMP - TOTAL ENERGIES (w/ REST)
> > >>
> > >> INTERNAL= 0.0000
> > >> VDWAALS = -14.5909 EEL = 97.4932
> > >> EGB = -0.6007 ESURF = 1.8965
> > >>
> > >>
> > >> CHECK DECOMP - SELF ENERGIES (w/o REST)
> > >>
> > >> INTERNAL= 0.0000
> > >> VDWAALS = 10.9662 EEL = 116.2464
> > >> EGB = -0.5704 ESURF = 4.3517
> > >>
> > >>
> > >> CHECK DECOMP - INDIRECT ENERGIES (w/o REST)
> > >>
> > >> INTERNAL= 0.0000
> > >> VDWAALS = -25.5571 EEL = -18.7533
> > >> EGB = -0.0303 ESURF = -2.4551
> > >>
> > >>
> > >> CHECK DECOMP - DIRECT ENERGIES (w/o REST)
> > >>
> > >> INTERNAL= 0.0000
> > >> VDWAALS = 0.0000 EEL = 0.0000
> > >> EGB = 0.0000 ESURF = 0.0000
> > >>
> > >>
> > >> CHECK DECOMP - REST ENERGIES
> > >>
> > >> INTERNAL= 0.0000
> > >> VDWAALS = 0.0000 EEL = 0.0000
> > >> EGB = 0.0000 ESURF = 0.0000
> > >>
> > >>
> > >> PRINT PAIR DECOMP - TOTAL ENERGIES
> > >>
> > >> resid1 ->resid2 |internal |vdw |eel |pol |sas
> > >> ======================================================================
> > >> TDC 1-> 1 0.000 10.966 116.246 -0.570 4.352
> > >> TDC 1-> 2 0.000 -0.412 -19.992 0.477 -0.164
> > >> TDC 1-> 3 0.000 -1.090 -0.001 -0.171 -0.092
> > >> TDC 1-> 4 0.000 -0.075 -3.834 3.832 0.000
> > >> TDC 1-> 5 0.000 -0.089 -7.374 7.387 0.000
> > >> TDC 1-> 6 0.000 -0.021 0.833 -0.835 0.000
> > >> TDC 1-> 7 0.000 -15.258 -5.305 5.965 -1.344
> > >> TDC 1-> 8 0.000 -0.701 1.793 -2.019 -0.081
> > >> TDC 1-> 9 0.000 -1.961 -1.508 1.406 -0.215
> > >> TDC 1-> 10 0.000 -1.052 -0.739 0.928 -0.151
> > >> TDC 1-> 11 0.000 -0.412 -0.855 0.864 -0.028
> > >> TDC 1-> 12 0.000 -2.624 4.360 -4.139 -0.286
> > >> TDC 1-> 13 0.000 -0.850 6.278 -6.209 -0.013
> > >> TDC 1-> 14 0.000 -0.013 2.381 -2.391 0.000
> > >> TDC 1-> 15 0.000 -0.046 -1.759 1.739 0.000
> > >> TDC 1-> 16 0.000 -0.334 0.190 -0.138 -0.056
> > >> TDC 1-> 17 0.000 -0.288 -1.301 1.329 -0.021
> > >> TDC 1-> 18 0.000 -0.162 -4.358 4.397 -0.005
> > >> TDC 1-> 19 0.000 -0.035 -3.851 3.865 0.000
> > >> TDC 1-> 20 0.000 -0.001 0.712 -0.713 0.000
> > >> TDC 1-> 21 0.000 0.000 0.902 -0.903 0.000
> > >> TDC 1-> 22 0.000 -0.002 5.367 -5.376 0.000
> > >> TDC 1-> 23 0.000 -0.006 -2.195 2.202 0.000
> > >> TDC 1-> 24 0.000 -0.060 3.361 -3.372 0.000
> > >> TDC 1-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 1-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 1-> 27 0.000 -0.056 1.845 -1.851 0.000
> > >> TDC 1-> 28 0.000 -0.001 0.796 -0.796 0.000
> > >> TDC 1-> 29 0.000 -0.004 5.884 -5.893 0.000
> > >> TDC 1-> 30 0.000 -0.004 -0.384 0.384 0.000
> > >> TDC 2-> 1 0.000 -0.412 -19.992 0.477 -0.216
> > >> TDC 2-> 2 0.000 -0.021 -17.199 -6.257 0.802
> > >> TDC 2-> 3 0.000 -0.828 -26.996 -1.376 -0.196
> > >> TDC 2-> 4 0.000 -0.183 -0.112 -0.085 -0.019
> > >> TDC 2-> 5 0.000 -0.024 -4.599 4.594 0.000
> > >> TDC 2-> 6 0.000 -0.012 -1.236 1.232 0.000
> > >> TDC 2-> 7 0.000 -0.025 -0.332 0.334 0.000
> > >> TDC 2-> 8 0.000 0.000 0.363 -0.365 0.000
> > >> TDC 2-> 9 0.000 -0.028 5.561 -5.571 0.000
> > >> TDC 2-> 10 0.000 -0.008 -0.078 0.078 0.000
> > >> TDC 2-> 11 0.000 -0.018 0.204 -0.201 0.000
> > >> TDC 2-> 12 0.000 -0.449 -1.122 0.890 -0.054
> > >> TDC 2-> 13 0.000 -0.019 1.449 -1.444 0.000
> > >> TDC 2-> 14 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 15 0.000 0.000 -0.653 0.654 0.000
> > >> TDC 2-> 16 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 17 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 18 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 19 0.000 -0.001 -0.750 0.751 0.000
> > >> TDC 2-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 21 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 22 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 2-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 1 0.000 -1.090 -0.001 -0.171 -0.149
> > >> TDC 3-> 2 0.000 -0.828 -26.996 -1.376 -0.199
> > >> TDC 3-> 3 0.000 0.634 -2.573 -6.899 1.404
> > >> TDC 3-> 4 0.000 -0.603 -25.877 0.275 -0.191
> > >> TDC 3-> 5 0.000 -0.172 1.174 -1.314 -0.006
> > >> TDC 3-> 6 0.000 -0.396 1.833 -1.925 -0.052
> > >> TDC 3-> 7 0.000 -0.269 1.158 -1.154 -0.044
> > >> TDC 3-> 8 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 9 0.000 -0.014 -2.478 2.480 0.000
> > >> TDC 3-> 10 0.000 -0.002 -0.259 0.259 0.000
> > >> TDC 3-> 11 0.000 -0.004 -0.038 0.040 0.000
> > >> TDC 3-> 12 0.000 -0.667 3.197 -3.370 -0.054
> > >> TDC 3-> 13 0.000 -0.032 0.954 -0.953 0.000
> > >> TDC 3-> 14 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 15 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 16 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 17 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 18 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 19 0.000 -0.006 0.692 -0.693 0.000
> > >> TDC 3-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 21 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 22 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 27 0.000 0.000 0.047 -0.047 0.000
> > >> TDC 3-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 3-> 30 0.000 0.000 -0.007 0.007 0.000
> > >> TDC 4-> 1 0.000 -0.075 -3.834 3.832 0.000
> > >> TDC 4-> 2 0.000 -0.183 -0.112 -0.085 -0.025
> > >> TDC 4-> 3 0.000 -0.603 -25.877 0.275 -0.230
> > >> TDC 4-> 4 0.000 -0.048 -20.631 -4.525 0.826
> > >> TDC 4-> 5 0.000 -0.206 -28.730 -0.654 -0.184
> > >> TDC 4-> 6 0.000 -1.077 -1.187 0.693 -0.155
> > >> TDC 4-> 7 0.000 -0.004 -1.010 1.013 0.000
> > >> TDC 4-> 8 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 9 0.000 0.000 -1.118 1.120 0.000
> > >> TDC 4-> 10 0.000 0.000 2.034 -2.038 0.000
> > >> TDC 4-> 11 0.000 -0.002 0.927 -0.928 0.000
> > >> TDC 4-> 12 0.000 -0.662 -0.445 0.470 -0.089
> > >> TDC 4-> 13 0.000 0.000 1.138 -1.139 0.000
> > >> TDC 4-> 14 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 15 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 16 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 17 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 18 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 19 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 21 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 22 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 4-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 1 0.000 -0.089 -7.374 7.387 0.000
> > >> TDC 5-> 2 0.000 -0.024 -4.599 4.594 0.000
> > >> TDC 5-> 3 0.000 -0.172 1.174 -1.314 -0.008
> > >> TDC 5-> 4 0.000 -0.206 -28.730 -0.654 -0.205
> > >> TDC 5-> 5 0.000 -0.660 -2.355 -69.702 1.221
> > >> TDC 5-> 6 0.000 -1.506 -51.779 21.658 -0.275
> > >> TDC 5-> 7 0.000 0.000 -0.513 0.514 0.000
> > >> TDC 5-> 8 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 9 0.000 0.000 0.275 -0.275 0.000
> > >> TDC 5-> 10 0.000 -0.003 1.155 -1.162 0.000
> > >> TDC 5-> 11 0.000 -0.018 7.116 -7.083 0.000
> > >> TDC 5-> 12 0.000 -1.456 -45.273 42.467 -0.318
> > >> TDC 5-> 13 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 14 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 15 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 16 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 17 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 18 0.000 0.000 1.362 -1.364 0.000
> > >> TDC 5-> 19 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 21 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 22 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 5-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 1 0.000 -0.021 0.833 -0.835 0.000
> > >> TDC 6-> 2 0.000 -0.012 -1.236 1.232 0.000
> > >> TDC 6-> 3 0.000 -0.396 1.833 -1.925 -0.049
> > >> TDC 6-> 4 0.000 -1.077 -1.187 0.693 -0.173
> > >> TDC 6-> 5 0.000 -1.506 -51.779 21.658 -0.343
> > >> TDC 6-> 6 0.000 -1.488 -60.908 -84.598 1.749
> > >> TDC 6-> 7 0.000 0.000 0.579 -0.580 0.000
> > >> TDC 6-> 8 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 9 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 10 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 11 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 12 0.000 -0.044 2.677 -2.672 0.000
> > >> TDC 6-> 13 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 14 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 15 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 16 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 17 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
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> > >> TDC 6-> 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 6-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 7-> 1 0.000 -15.258 -5.305 5.965 -1.325
> > >> TDC 7-> 2 0.000 -0.025 -0.332 0.334 0.000
> > >> TDC 7-> 3 0.000 -0.269 1.158 -1.154 -0.027
> > >> TDC 7-> 4 0.000 -0.004 -1.010 1.013 0.000
> > >> TDC 7-> 5 0.000 0.000 -0.513 0.514 0.000
> > >> TDC 7-> 6 0.000 0.000 0.579 -0.580 0.000
> > >> TDC 7-> 7 0.000 2.314 118.012 -1.653 4.736
> > >> TDC 7-> 8 0.000 -0.472 -21.057 1.636 -0.170
> > >> TDC 7-> 9 0.000 -1.526 0.371 -0.514 -0.126
> > >> TDC 7-> 10 0.000 -0.059 -0.848 0.846 0.000
> > >> TDC 7-> 11 0.000 -0.009 6.029 -6.037 0.000
> > >> TDC 7-> 12 0.000 -0.075 4.956 -4.940 0.000
> > >> TDC 7-> 13 0.000 -10.642 0.918 -0.456 -1.099
> > >> TDC 7-> 14 0.000 -0.157 -4.248 4.337 -0.017
> > >> TDC 7-> 15 0.000 -0.084 -2.510 2.559 -0.002
> > >> TDC 7-> 16 0.000 -0.060 -4.331 4.393 0.000
> > >> TDC 7-> 17 0.000 -0.100 2.643 -2.670 0.000
> > >> TDC 7-> 18 0.000 -0.011 -4.431 4.427 0.000
> > >> TDC 7-> 19 0.000 -0.548 -4.638 4.706 0.000
> > >> TDC 7-> 20 0.000 -0.080 0.334 -0.333 0.000
> > >> TDC 7-> 21 0.000 -0.048 2.892 -2.894 0.000
> > >> TDC 7-> 22 0.000 -0.066 1.082 -1.063 -0.004
> > >> TDC 7-> 23 0.000 -0.091 2.102 -2.160 -0.001
> > >> TDC 7-> 24 0.000 -0.788 3.473 -3.288 -0.108
> > >> TDC 7-> 25 0.000 -0.008 0.699 -0.698 0.000
> > >> TDC 7-> 26 0.000 -0.032 -9.911 9.909 0.000
> > >> TDC 7-> 27 0.000 -1.752 -4.984 4.932 -0.134
> > >> TDC 7-> 28 0.000 -0.115 -2.121 2.121 -0.003
> > >> TDC 7-> 29 0.000 -0.197 0.712 -0.696 -0.015
> > >> TDC 7-> 30 0.000 -0.101 -4.410 4.440 0.000
> > >> TDC 8-> 1 0.000 -0.701 1.793 -2.019 -0.082
> > >> TDC 8-> 2 0.000 0.000 0.363 -0.365 0.000
> > >> TDC 8-> 3 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 4 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 5 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 7 0.000 -0.472 -21.057 1.636 -0.218
> > >> TDC 8-> 8 0.000 -0.022 -17.450 -2.642 0.844
> > >> TDC 8-> 9 0.000 -0.335 -28.028 -1.427 -0.167
> > >> TDC 8-> 10 0.000 -0.329 -0.242 0.093 -0.032
> > >> TDC 8-> 11 0.000 -0.025 0.899 -0.927 0.000
> > >> TDC 8-> 12 0.000 -0.009 -0.777 0.757 0.000
> > >> TDC 8-> 13 0.000 -0.533 3.390 -3.494 -0.051
> > >> TDC 8-> 14 0.000 -0.307 -0.422 0.168 -0.048
> > >> TDC 8-> 15 0.000 -0.730 -1.441 0.512 -0.110
> > >> TDC 8-> 16 0.000 -0.246 -2.307 0.699 -0.097
> > >> TDC 8-> 17 0.000 -0.257 0.283 -0.283 -0.030
> > >> TDC 8-> 18 0.000 -0.041 -0.112 0.093 0.000
> > >> TDC 8-> 19 0.000 -0.019 3.326 -3.335 0.000
> > >> TDC 8-> 20 0.000 -0.002 2.633 -2.639 0.000
> > >> TDC 8-> 21 0.000 -0.007 -0.908 0.906 0.000
> > >> TDC 8-> 22 0.000 -0.007 -0.411 0.414 0.000
> > >> TDC 8-> 23 0.000 -0.008 -0.512 0.498 0.000
> > >> TDC 8-> 24 0.000 -0.153 0.050 0.009 -0.012
> > >> TDC 8-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 8-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 9-> 1 0.000 -1.961 -1.508 1.406 -0.312
> > >> TDC 9-> 2 0.000 -0.028 5.561 -5.571 0.000
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> > >> TDC 9-> 4 0.000 0.000 -1.118 1.120 0.000
> > >> TDC 9-> 5 0.000 0.000 0.275 -0.275 0.000
> > >> TDC 9-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 9-> 7 0.000 -1.526 0.371 -0.514 -0.187
> > >> TDC 9-> 8 0.000 -0.335 -28.028 -1.427 -0.158
> > >> TDC 9-> 9 0.000 1.215 -1.753 -4.905 1.496
> > >> TDC 9-> 10 0.000 -0.670 -25.495 0.189 -0.173
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> > >> TDC 9-> 12 0.000 -0.086 1.561 -1.646 0.000
> > >> TDC 9-> 13 0.000 -2.109 -3.370 3.386 -0.353
> > >> TDC 9-> 14 0.000 -0.057 -0.298 0.231 0.000
> > >> TDC 9-> 15 0.000 -0.913 -0.881 0.531 -0.101
> > >> TDC 9-> 16 0.000 -0.552 -0.647 0.528 -0.059
> > >> TDC 9-> 17 0.000 -0.061 -3.427 3.446 0.000
> > >> TDC 9-> 18 0.000 -0.052 -0.165 0.148 0.000
> > >> TDC 9-> 19 0.000 -0.133 5.190 -5.190 0.000
> > >> TDC 9-> 20 0.000 -0.002 2.755 -2.760 0.000
> > >> TDC 9-> 21 0.000 -0.004 1.082 -1.084 0.000
> > >> TDC 9-> 22 0.000 -0.001 -2.214 2.218 0.000
> > >> TDC 9-> 23 0.000 0.000 -2.621 2.621 0.000
> > >> TDC 9-> 24 0.000 -0.015 -0.078 0.096 0.000
> > >> TDC 9-> 25 0.000 0.000 -0.129 0.129 0.000
> > >> TDC 9-> 26 0.000 0.000 0.019 -0.019 0.000
> > >> TDC 9-> 27 0.000 -0.001 0.101 -0.101 0.000
> > >> TDC 9-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 9-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 9-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 1 0.000 -1.052 -0.739 0.928 -0.160
> > >> TDC 10-> 2 0.000 -0.008 -0.078 0.078 0.000
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> > >> TDC 10-> 4 0.000 0.000 2.034 -2.038 0.000
> > >> TDC 10-> 5 0.000 -0.003 1.155 -1.162 0.000
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> > >> TDC 10-> 7 0.000 -0.059 -0.848 0.846 0.000
> > >> TDC 10-> 8 0.000 -0.329 -0.242 0.093 -0.041
> > >> TDC 10-> 9 0.000 -0.670 -25.495 0.189 -0.207
> > >> TDC 10-> 10 0.000 -0.055 -23.151 -3.741 0.823
> > >> TDC 10-> 11 0.000 -0.565 -29.799 -1.365 -0.183
> > >> TDC 10-> 12 0.000 -0.421 0.251 -0.385 -0.050
> > >> TDC 10-> 13 0.000 -0.044 -1.880 1.917 0.000
> > >> TDC 10-> 14 0.000 -0.010 -0.236 0.211 0.000
> > >> TDC 10-> 15 0.000 -0.146 -0.205 0.122 -0.003
> > >> TDC 10-> 16 0.000 -0.520 -0.194 0.048 -0.079
> > >> TDC 10-> 17 0.000 -0.067 -0.019 0.030 -0.001
> > >> TDC 10-> 18 0.000 -0.231 -0.168 0.148 -0.022
> > >> TDC 10-> 19 0.000 -0.001 -0.358 0.358 0.000
> > >> TDC 10-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 21 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 22 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 24 0.000 -0.002 -0.089 0.090 0.000
> > >> TDC 10-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 10-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 1 0.000 -0.412 -0.855 0.864 -0.017
> > >> TDC 11-> 2 0.000 -0.018 0.204 -0.201 0.000
> > >> TDC 11-> 3 0.000 -0.004 -0.038 0.040 0.000
> > >> TDC 11-> 4 0.000 -0.002 0.927 -0.928 0.000
> > >> TDC 11-> 5 0.000 -0.018 7.116 -7.083 0.000
> > >> TDC 11-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 7 0.000 -0.009 6.029 -6.037 0.000
> > >> TDC 11-> 8 0.000 -0.025 0.899 -0.927 0.000
> > >> TDC 11-> 9 0.000 -0.145 2.317 -2.416 -0.008
> > >> TDC 11-> 10 0.000 -0.565 -29.799 -1.365 -0.183
> > >> TDC 11-> 11 0.000 -0.316 1.301 -69.830 1.223
> > >> TDC 11-> 12 0.000 -0.895 -50.929 19.212 -0.194
> > >> TDC 11-> 13 0.000 -0.002 -3.026 3.028 0.000
> > >> TDC 11-> 14 0.000 -0.001 -0.811 0.808 0.000
> > >> TDC 11-> 15 0.000 -0.029 -2.380 2.361 0.000
> > >> TDC 11-> 16 0.000 -0.152 -0.242 0.302 -0.009
> > >> TDC 11-> 17 0.000 -0.075 15.144 -15.090 0.000
> > >> TDC 11-> 18 0.000 -1.524 -22.598 21.421 -0.361
> > >> TDC 11-> 19 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 21 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 22 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 11-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 1 0.000 -2.624 4.360 -4.139 -0.361
> > >> TDC 12-> 2 0.000 -0.449 -1.122 0.890 -0.058
> > >> TDC 12-> 3 0.000 -0.667 3.197 -3.370 -0.083
> > >> TDC 12-> 4 0.000 -0.662 -0.445 0.470 -0.101
> > >> TDC 12-> 5 0.000 -1.456 -45.273 42.467 -0.270
> > >> TDC 12-> 6 0.000 -0.044 2.677 -2.672 0.000
> > >> TDC 12-> 7 0.000 -0.075 4.956 -4.940 0.000
> > >> TDC 12-> 8 0.000 -0.009 -0.777 0.757 0.000
> > >> TDC 12-> 9 0.000 -0.086 1.561 -1.646 0.000
> > >> TDC 12-> 10 0.000 -0.421 0.251 -0.385 -0.049
> > >> TDC 12-> 11 0.000 -0.895 -50.929 19.212 -0.247
> > >> TDC 12-> 12 0.000 -1.430 -63.215 -79.515 1.723
> > >> TDC 12-> 13 0.000 -0.006 2.191 -2.193 0.000
> > >> TDC 12-> 14 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 15 0.000 -0.001 0.990 -0.996 0.000
> > >> TDC 12-> 16 0.000 -0.011 4.755 -4.756 0.000
> > >> TDC 12-> 17 0.000 -0.003 -5.066 5.075 0.000
> > >> TDC 12-> 18 0.000 -0.018 8.478 -8.476 0.000
> > >> TDC 12-> 19 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 21 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 22 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 23 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 12-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 13-> 1 0.000 -0.850 6.278 -6.209 -0.009
> > >> TDC 13-> 2 0.000 -0.019 1.449 -1.444 0.000
> > >> TDC 13-> 3 0.000 -0.032 0.954 -0.953 0.000
> > >> TDC 13-> 4 0.000 0.000 1.138 -1.139 0.000
> > >> TDC 13-> 5 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 13-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 13-> 7 0.000 -10.642 0.918 -0.456 -1.064
> > >> TDC 13-> 8 0.000 -0.533 3.390 -3.494 -0.049
> > >> TDC 13-> 9 0.000 -2.109 -3.370 3.386 -0.197
> > >> TDC 13-> 10 0.000 -0.044 -1.880 1.917 0.000
> > >> TDC 13-> 11 0.000 -0.002 -3.026 3.028 0.000
> > >> TDC 13-> 12 0.000 -0.006 2.191 -2.193 0.000
> > >> TDC 13-> 13 0.000 3.860 127.780 -9.561 4.839
> > >> TDC 13-> 14 0.000 0.149 -22.498 3.337 -0.168
> > >> TDC 13-> 15 0.000 -0.789 -1.397 1.275 -0.054
> > >> TDC 13-> 16 0.000 -0.045 -1.558 1.545 0.000
> > >> TDC 13-> 17 0.000 -0.025 2.436 -2.436 0.000
> > >> TDC 13-> 18 0.000 0.000 -0.668 0.669 0.000
> > >> TDC 13-> 19 0.000 -12.111 8.541 -7.692 -1.417
> > >> TDC 13-> 20 0.000 -1.101 2.266 -2.286 -0.172
> > >> TDC 13-> 21 0.000 -1.319 -6.389 6.328 -0.103
> > >> TDC 13-> 22 0.000 -0.283 5.001 -4.950 -0.024
> > >> TDC 13-> 23 0.000 -0.095 3.157 -3.153 0.000
> > >> TDC 13-> 24 0.000 -0.597 2.158 -2.197 -0.059
> > >> TDC 13-> 25 0.000 -0.626 -2.983 3.020 0.000
> > >> TDC 13-> 26 0.000 -0.191 1.098 -1.164 -0.003
> > >> TDC 13-> 27 0.000 -1.545 -1.999 1.999 -0.246
> > >> TDC 13-> 28 0.000 -0.069 4.532 -4.532 0.000
> > >> TDC 13-> 29 0.000 -0.063 -0.505 0.504 0.000
> > >> TDC 13-> 30 0.000 -0.713 -5.226 5.297 -0.095
> > >> TDC 14-> 1 0.000 -0.013 2.381 -2.391 0.000
> > >> TDC 14-> 2 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 3 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 4 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 5 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 7 0.000 -0.157 -4.248 4.337 -0.019
> > >> TDC 14-> 8 0.000 -0.307 -0.422 0.168 -0.039
> > >> TDC 14-> 9 0.000 -0.057 -0.298 0.231 0.000
> > >> TDC 14-> 10 0.000 -0.010 -0.236 0.211 0.000
> > >> TDC 14-> 11 0.000 -0.001 -0.811 0.808 0.000
> > >> TDC 14-> 12 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 13 0.000 0.149 -22.498 3.337 -0.223
> > >> TDC 14-> 14 0.000 -0.028 -18.241 -5.675 0.811
> > >> TDC 14-> 15 0.000 -0.796 -27.394 -1.170 -0.189
> > >> TDC 14-> 16 0.000 -0.205 0.024 -0.117 -0.022
> > >> TDC 14-> 17 0.000 -0.128 1.178 -1.242 -0.009
> > >> TDC 14-> 18 0.000 -0.015 6.353 -6.384 0.000
> > >> TDC 14-> 19 0.000 -0.045 0.497 -0.481 0.000
> > >> TDC 14-> 20 0.000 -0.002 0.014 -0.017 0.000
> > >> TDC 14-> 21 0.000 -0.025 -2.740 2.740 0.000
> > >> TDC 14-> 22 0.000 -0.013 0.479 -0.481 0.000
> > >> TDC 14-> 23 0.000 -0.012 0.309 -0.306 0.000
> > >> TDC 14-> 24 0.000 -0.643 -0.536 0.395 -0.108
> > >> TDC 14-> 25 0.000 -0.004 4.772 -4.778 0.000
> > >> TDC 14-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 14-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 1 0.000 -0.046 -1.759 1.739 0.000
> > >> TDC 15-> 2 0.000 0.000 -0.653 0.654 0.000
> > >> TDC 15-> 3 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 4 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 5 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 7 0.000 -0.084 -2.510 2.559 -0.002
> > >> TDC 15-> 8 0.000 -0.730 -1.441 0.512 -0.086
> > >> TDC 15-> 9 0.000 -0.913 -0.881 0.531 -0.120
> > >> TDC 15-> 10 0.000 -0.146 -0.205 0.122 -0.003
> > >> TDC 15-> 11 0.000 -0.029 -2.380 2.361 0.000
> > >> TDC 15-> 12 0.000 -0.001 0.990 -0.996 0.000
> > >> TDC 15-> 13 0.000 -0.789 -1.397 1.275 -0.091
> > >> TDC 15-> 14 0.000 -0.796 -27.394 -1.170 -0.185
> > >> TDC 15-> 15 0.000 2.815 -0.437 -5.909 1.426
> > >> TDC 15-> 16 0.000 -0.144 -25.895 0.056 -0.156
> > >> TDC 15-> 17 0.000 -0.440 -2.903 2.697 -0.046
> > >> TDC 15-> 18 0.000 -0.154 2.942 -3.054 -0.014
> > >> TDC 15-> 19 0.000 -0.174 3.671 -3.674 -0.018
> > >> TDC 15-> 20 0.000 0.000 2.352 -2.355 0.000
> > >> TDC 15-> 21 0.000 -0.008 -0.213 0.213 0.000
> > >> TDC 15-> 22 0.000 -0.002 -4.604 4.611 0.000
> > >> TDC 15-> 23 0.000 -0.001 5.967 -5.978 0.000
> > >> TDC 15-> 24 0.000 -0.074 9.001 -8.989 0.000
> > >> TDC 15-> 25 0.000 -0.010 -3.150 3.156 0.000
> > >> TDC 15-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 15-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 1 0.000 -0.334 0.190 -0.138 -0.053
> > >> TDC 16-> 2 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 3 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 4 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 5 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 7 0.000 -0.060 -4.331 4.393 0.000
> > >> TDC 16-> 8 0.000 -0.246 -2.307 0.699 -0.094
> > >> TDC 16-> 9 0.000 -0.552 -0.647 0.528 -0.076
> > >> TDC 16-> 10 0.000 -0.520 -0.194 0.048 -0.084
> > >> TDC 16-> 11 0.000 -0.152 -0.242 0.302 -0.014
> > >> TDC 16-> 12 0.000 -0.011 4.755 -4.756 0.000
> > >> TDC 16-> 13 0.000 -0.045 -1.558 1.545 0.000
> > >> TDC 16-> 14 0.000 -0.205 0.024 -0.117 -0.026
> > >> TDC 16-> 15 0.000 -0.144 -25.895 0.056 -0.184
> > >> TDC 16-> 16 0.000 -0.011 -15.245 -4.161 0.849
> > >> TDC 16-> 17 0.000 -0.668 -31.837 0.406 -0.164
> > >> TDC 16-> 18 0.000 -1.098 -0.856 0.117 -0.147
> > >> TDC 16-> 19 0.000 -0.002 1.270 -1.272 0.000
> > >> TDC 16-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 21 0.000 0.000 0.127 -0.127 0.000
> > >> TDC 16-> 22 0.000 0.000 2.069 -2.073 0.000
> > >> TDC 16-> 23 0.000 0.000 2.493 -2.495 0.000
> > >> TDC 16-> 24 0.000 -0.028 -3.979 3.975 0.000
> > >> TDC 16-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 16-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 1 0.000 -0.288 -1.301 1.329 -0.016
> > >> TDC 17-> 2 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 3 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 4 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 5 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 7 0.000 -0.100 2.643 -2.670 0.000
> > >> TDC 17-> 8 0.000 -0.257 0.283 -0.283 -0.026
> > >> TDC 17-> 9 0.000 -0.061 -3.427 3.446 0.001
> > >> TDC 17-> 10 0.000 -0.067 -0.019 0.030 -0.001
> > >> TDC 17-> 11 0.000 -0.075 15.144 -15.090 0.000
> > >> TDC 17-> 12 0.000 -0.003 -5.066 5.075 0.000
> > >> TDC 17-> 13 0.000 -0.025 2.436 -2.436 0.000
> > >> TDC 17-> 14 0.000 -0.128 1.178 -1.242 -0.012
> > >> TDC 17-> 15 0.000 -0.440 -2.903 2.697 -0.052
> > >> TDC 17-> 16 0.000 -0.668 -31.837 0.406 -0.166
> > >> TDC 17-> 17 0.000 -1.075 4.675 -70.168 1.203
> > >> TDC 17-> 18 0.000 -1.723 -80.630 43.089 -0.529
> > >> TDC 17-> 19 0.000 0.000 -0.049 0.049 0.000
> > >> TDC 17-> 20 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 21 0.000 0.000 0.009 -0.009 0.000
> > >> TDC 17-> 22 0.000 -0.002 1.012 -1.014 0.000
> > >> TDC 17-> 23 0.000 -0.014 19.676 -19.701 0.000
> > >> TDC 17-> 24 0.000 -0.381 -20.870 20.823 -0.038
> > >> TDC 17-> 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 27 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 17-> 30 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 18-> 1 0.000 -0.162 -4.358 4.397 -0.004
> > >> TDC 18-> 2 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 18-> 3 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 18-> 4 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
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> > >> TDC 18-> 6 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
> > >> TDC 18-> 7 0.000 -0.011 -4.431 4.427 0.000
> > >> TDC 18-> 8 0.000 -0.041 -0.112 0.093 0.000
> > >> TDC 18-> 9 0.000 -0.052 -0.165 0.148 0.000
> > >> TDC 18-> 10 0.000 -0.231 -0.168 0.148 -0.026
> > >> TDC 18-> 11 0.000 -1.524 -22.598 21.421 -0.266
> > >> TDC 18-> 12 0.000 -0.018 8.478 -8.476 0.000
> > >> TDC 18-> 13 0.000 0.000 -0.668 0.669 0.000
> > >> TDC 18-> 14 0.000 -0.015 6.353 -6.384 0.000
> > >> TDC 18-> 15 0.000 -0.154 2.942 -3.054 -0.014
> > >> TDC 18-> 16 0.000 -1.098 -0.856 0.117 -0.155
> > >> TDC 18-> 17 0.000 -1.723 -80.630 43.089 -0.533
> > >> TDC 18-> 18 0.000 -1.231 -59.312 -79.834 1.854
> > >> TDC 18-> 19 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
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> > >>
> > >> [Message clipped]
> > >
> > >
> > >
> > >
> > > --
> > > Jason M. Swails
> > > Quantum Theory Project,
> > > University of Florida
> > > Ph.D. Candidate
> > > 352-392-4032
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> > > AMBER mailing list
> > > AMBER.ambermd.org
> > > http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
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>
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>
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> Jason M. Swails
> Quantum Theory Project,
> University of Florida
> Ph.D. Candidate
> 352-392-4032
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Elisa Frezza
Ph.D. Student in Material Science and Engineering
Dipartimento di Scienze Chimiche
Università di Padova
via Marzolo, 1
35131 Padova - Italy
Phone: +39 049 827 5149
Emai: elisa.frezza.gmail.com
elisa.frezza.studenti.unipd.it
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Received on Thu Jul 28 2011 - 01:30:07 PDT
