Hi,
does anybody have a script or program that takes a solvated protein structure
(as pdb file) and then randomly replaces water molecules by counterions ?
Preferentially, it would lead to a neutralized system and would take a
concentration as input.
For those who know the "genion" program from the gromacs distribution - this
is what Im looking for (especially the -random -conc -neutral options), but
genion does not accept pdb files as input...
Thanks for any help or pointers...
Th.
Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox
Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
Lead Identification and Optimization Sup
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Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG, Sitz: Ingelheim am Rhein;
Registergericht Mainz: HR A 22206; Komplementär Boehringer Ingelheim
Deutschland GmbH; Geschäftsführung: Dr. Engelbert Günster (Vorsitzender),
Ralf Gorniak, Mark Hagmann, Michael Klein, Dr. Martin Wanning; Vorsitzender
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Received on Wed Mar 02 2011 - 03:00:03 PST
