Starting installation of AmberTools, version 1.3 at Mon Jan 18 17:06:52 CST 2010.
(cd ucpp-1.3 && make install )
make[1]: Entering directory `/usr/local/amber11/src/ucpp-1.3'
gcc -c -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ   -DSTAND_ALONE mem.c
gcc -c -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ   -DSTAND_ALONE nhash.c
gcc -c -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ   -DSTAND_ALONE cpp.c
gcc -c -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ   -DSTAND_ALONE lexer.c
gcc -c -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ   -DSTAND_ALONE assert.c
gcc -c -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ   -DSTAND_ALONE macro.c
gcc -c -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ   -DSTAND_ALONE eval.c
gcc  -o ucpp.exe mem.o nhash.o cpp.o lexer.o assert.o macro.o eval.o 
mv ucpp.exe /usr/local/amber11/bin
make[1]: Leaving directory `/usr/local/amber11/src/ucpp-1.3'
(cd byacc && make install )
make[1]: Entering directory `/usr/local/amber11/src/byacc'
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o closure.o closure.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o error.o error.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o lalr.o lalr.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o lr0.o lr0.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o main.o main.c
main.c: In function ‘create_file_names’:
main.c:268: warning: call to ‘mktemp’ declared with attribute warning: the use of `mktemp' is dangerous; use `mkstemp' instead
main.c:269: warning: call to ‘mktemp’ declared with attribute warning: the use of `mktemp' is dangerous; use `mkstemp' instead
main.c:270: warning: call to ‘mktemp’ declared with attribute warning: the use of `mktemp' is dangerous; use `mkstemp' instead
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o mkpar.o mkpar.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o output.o output.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o reader.o reader.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o skeleton.o skeleton.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o symtab.o symtab.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o verbose.o verbose.c
gcc -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ     -c -o warshall.o warshall.c
mv yacc.exe /usr/local/amber11/bin
make[1]: Leaving directory `/usr/local/amber11/src/byacc'
(cd carpack && make install );
make[1]: Entering directory `/usr/local/amber11/src/carpack'
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dgetv0.o dgetv0.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlaqrb.o dlaqrb.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dnaitr.o dnaitr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dnapps.o dnapps.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dnaup2.o dnaup2.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dnaupd.o dnaupd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dnconv.o dnconv.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dneigh.o dneigh.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dneupd.o dneupd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dngets.o dngets.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsaitr.o dsaitr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsapps.o dsapps.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsaup2.o dsaup2.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsaupd.o dsaupd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsconv.o dsconv.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dseigt.o dseigt.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsesrt.o dsesrt.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dseupd.o dseupd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsgets.o dsgets.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsortc.o dsortc.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsortr.o dsortr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dstatn.o dstatn.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dstats.o dstats.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dstqrb.o dstqrb.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsarpack.o dsarpack.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o wallclock.o wallclock.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dmout.o dmout.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o ivout.o ivout.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dvout.o dvout.c
ar rv carpack.a dgetv0.o dlaqrb.o dnaitr.o dnapps.o dnaup2.o dnaupd.o dnconv.o dneigh.o dneupd.o dngets.o dsaitr.o dsapps.o dsaup2.o dsaupd.o dsconv.o dseigt.o dsesrt.o dseupd.o dsgets.o dsortc.o dsortr.o dstatn.o dstats.o dstqrb.o dsarpack.o wallclock.o dmout.o ivout.o dvout.o
ar: creating carpack.a
a - dgetv0.o
a - dlaqrb.o
a - dnaitr.o
a - dnapps.o
a - dnaup2.o
a - dnaupd.o
a - dnconv.o
a - dneigh.o
a - dneupd.o
a - dngets.o
a - dsaitr.o
a - dsapps.o
a - dsaup2.o
a - dsaupd.o
a - dsconv.o
a - dseigt.o
a - dsesrt.o
a - dseupd.o
a - dsgets.o
a - dsortc.o
a - dsortr.o
a - dstatn.o
a - dstats.o
a - dstqrb.o
a - dsarpack.o
a - wallclock.o
a - dmout.o
a - ivout.o
a - dvout.o
ranlib carpack.a
mv carpack.a /usr/local/amber11/lib
make[1]: Leaving directory `/usr/local/amber11/src/carpack'
(cd clapack && make install )
make[1]: Entering directory `/usr/local/amber11/src/clapack'
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsyev.o dsyev.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsyevd.o dsyevd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dormtr.o dormtr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dormql.o dormql.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dormqr.o dormqr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlansy.o dlansy.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsytrd.o dsytrd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dorgtr.o dorgtr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsteqr.o dsteqr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsterf.o dsterf.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlascl.o dlascl.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlamch.o dlamch.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o ilaenv.o ilaenv.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlassq.o dlassq.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsytd2.o dsytd2.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dorm2l.o dorm2l.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlatrd.o dlatrd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dorgql.o dorgql.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dorgqr.o dorgqr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlasrt.o dlasrt.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlaset.o dlaset.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlanst.o dlanst.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlaev2.o dlaev2.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlasr.o dlasr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlapy2.o dlapy2.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlartg.o dlartg.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlae2.o dlae2.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dorg2r.o dorg2r.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlarft.o dlarft.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlarfb.o dlarfb.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dorg2l.o dorg2l.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlarfg.o dlarfg.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlarf.o dlarf.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dspev.o dspev.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlansp.o dlansp.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsptrd.o dsptrd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dopgtr.o dopgtr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dposv.o dposv.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dppsv.o dppsv.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dspsv.o dspsv.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dgeev.o dgeev.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsptrs.o dsptrs.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dsptrf.o dsptrf.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dpptrs.o dpptrs.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dpptrf.o dpptrf.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dgebak.o dgebak.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dtrevc.o dtrevc.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlacpy.o dlacpy.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dhseqr.o dhseqr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dorghr.o dorghr.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dgehrd.o dgehrd.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dgebal.o dgebal.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlange.o dlange.c
gcc -c -O3 -mtune=generic -msse -mfpmath=sse -DCYGWIN -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -DBINTRAJ    -o dlabad.o dlabad.c
make[1]: vfork: Resource temporarily unavailable
make[1]: Leaving directory `/usr/local/amber11/src/clapack'
make: *** [serial] Error 2
      5 [main] make (4692) C:\Cygwin\bin\make.exe: *** fatal error - WFSO timed out after longjmp