[AMBER] inhibitor prepin not recognized in xleap

From: Jayalakshmi Sridhar <jsridhar.xula.edu>
Date: Fri, 23 Oct 2009 11:05:46 -0500

   <div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 1 6px;"><meta content="text/html; charset=utf-8" http-eq uiv="Content-Type" /><meta content="Word.Document" nam e="ProgId" /><meta content="Microsoft Word 11" name=" Generator" /><meta content="Microsoft Word 11" name="Ori ginator"/><linkhref="file:///C:\DOCUME~1\jsridhar\ LOCALS~1\Temp\msohtml1\01\clip_filelist.xml"rel="Fi le-List" /><!--[if gte mso 9]&gt;&lt;xml&gt;
   &lt;w:WordDocument&gt;
   &lt;w:View&gt;Normal&lt;/w:View&gt;
   &lt;w:Zoom&gt;0&lt;/w:Zoom&gt;
   &lt;w:PunctuationKerning/&gt;
   &lt;w:ValidateAgainstSchemas/&gt;
   &lt;w:SaveIfXMLInvalid&gt;false&lt;/w:SaveIfXMLInvalid &gt;
   &lt;w:IgnoreMixedContent&gt;false&lt;/w:IgnoreMixedCon tent&gt;
   &lt;w:AlwaysShowPlaceholderText&gt;false&lt;/w:AlwaysS howPlaceholderText&gt; &lt;w:Compatibility&gt;
   &lt;w:BreakWrappedTables/&gt;
   &lt;w:SnapToGridInCell/&gt;&lt;w:WrapTextWithPunct/&gt;
   &lt;w:UseAsianBreakRules/&gt;&lt;w:DontGrowAutofit/&gt;
   &lt;/w:Compatibility&gt;
   &lt;w:BrowserLevel&gt;MicrosoftInternetExplorer4&lt;/w: BrowserLevel&gt; &lt;/w:WordDocument&gt;
   &lt;/xml&gt;&lt;![endif]--><!--[if gte mso 9]& gt;&lt;xml&gt; &lt;w:LatentStyles
   DefLockedState=&quot;false&quot; Lat entStyleCount=&quot;156&quot;&gt;
   &lt;/w:LatentStyles&gt;
   &lt;/xml&gt;&lt;![endif]--><style> &lt;!-- /*
   Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
   {mso-style-parent:&quot;&quot;; margin:0in;
   margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan;
   font-size:12.0pt;font-family:&quot;TimesNewRoman&quot;;
   mso-fareast-font-family:&quot;Times New Roman&quot;;} .page
   Section1 {size:8.5in 11.0in; margin:1.0in 1.25in 1.0in
   1.25in; mso-header-margin:.5in; mso-footer-margin:.5in;
   mso-paper-source:0;} div.Section1 {page:Section1;}
   --&gt; </style><!--[if gte mso 10]&gt;
   &lt;style&gt; /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable
   {mso-style-name:&quot;Table Normal&quot;;
   mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0;
   mso-style-noshow:yes; mso-style-parent:&quot;&quot;;
   mso-padding-alt:0in 5.4pt 0in 5.4pt; mso-para-margin:0in;
   mso-para-margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan;
   font-size:10.0pt;font-family:&quot;TimesNewRoman&quot;;
   mso-ansi-language:#0400; mso-fareast-language:#0400;
   mso-bidi-language:#0400;} &lt;/style&gt;
   &lt;![endif]--> <p class="MsoNormal">Dear Amber
   Users,<br /> I am resending my earlier mail as it did not go through
   properly. Hope= this does not get scrambled. Sorry about this.<br
   _moz_dirty== "" /></p><p _moz_dirty=""
   class="MsoNormal">= I have a protein with a small molecule docked in
   it. I need to minimiz= e the complex. I ran the inhibitor through
   antechamber to generate prepin an= d frcmod files. I then loaded the
   prepin file in xleap and then the complex pdb= file.  All help is
   greatly appreciated. Thanks.<br /> <br /> This is the output I
   am getting in xleap:<br /> <br /> 1z10nic = loadpdb
   1z10nic_mod5.pdb<br /> Loading PDB file:
   ./1z10nic_mod5.pdb<br /> -- residue 495: duplicate [ C]
   atoms (total 10)<br /> -- residue 495: duplicate [ H] atoms (total
   14)<br /> -- residue 495: duplicate [ N] atoms (total 2)<br />
   <br />    Warning: Atom names in each residue should be
   unique.<br />=      (Same-name atoms are handled by using the
   first<br />       occurrence and by ignoring the rest.<br
   />       Frequently duplicate atom names stem from
   alternate<br />       conformations in the PDB file.)<br
   /> <br /> One sided connection. Residue:  missing connect0
   atom.<br />= One sided connection. Residue:  missing connect1
   atom.<br />=   Added missing heavy atom: .R&lt;CARG
   494&gt;.A&lt;= OXT 25&gt;<br />   Added missing heavy
   atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 1 4&gt;<br />  
   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 4
   8&gt;<br />   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC
   495&gt;.A&lt;C= 3 10&gt;<br />   Added missing heavy
   atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 5 11&gt;<br />  
   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 2
   1&gt;<br />   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC
   495&gt;.A&lt;C= 6 13&gt;<br />   Added missing heavy
   atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;N= 1 22&gt;<br />  
   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 7
   16&gt;<br />   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC
   495&gt;.A&lt;C= 8 19&gt;<br />   Added missing heavy
   atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 9 23&gt;<br />
   <br /> This is my .prepin file:<br />     0   
   0    2<br /> <br /> This is a remark line<br />
   molecule.res<br /> NIC   INT  0<br /> CORRECT    
   OMIT DU   BEG<br />   0.0000<br />    1  DUMM 
   DU    M    0  -1  -2     0.000     
   .0        .0      .00000<br />    2 
   DUMM  DU    M    1   0  -1    
   1.449      .0        .0     
   .00000<br />    3  DUMM  DU    M    2  
   1   0     1.522   111.1       
   .0      .00000<br />    4  C2    ca   
   M    3   2   1     1.540   111.208  
   180.000  0.398300<br />    5  H2    h4   
   E    4   3   2     1.082   110.285  
   152.021  0.023500<br />    6  N     nb   
   M    4   3   2     1.338   132.082   
   -5.372 -0.667400<br />    7  C1    ca   
   M    6   4   3     1.334   114.508  
   -15.311  0.393700<br />    8  H1    h4   
   E    7   6   4     1.081   115.704  
   171.419  0.022000<br />    9  C     ca   
   M    7   6   4     1.378   122.650   
   -9.218 -0.249500<br />   10  H     ha   
   E    9   7   6     1.057   124.491 
   -179.429  0.143600<br />   11  C4    ca   
   M    9   7   6     1.358   121.446    
   3.759 -0.084900<br />   12  H3    ha    E  
   11   9   7     1.086   120.269   177.462 
   0.150100<br />   13  C3    ca    M   11  
   9   7     1.362   116.419     8.515
   -0.193500<br />   14  C5    c3    M   13 
   11   9     1.475   118.393   156.894 
   0.210100<br />   15  H4    h1    E   14  13 
   11     1.089   110.042    90.624  0.068300<br
   />   16  C6    c3    M   14  13  11    
   1.506   110.030  -150.548 -0.101800<br />   17 
   H5    hc    E   16  14  13     1.094  
   112.449   -93.517  0.055800<br />   18  H6   
   hc    E   16  14  13     1.089  
   112.965    29.014  0.047000<br />   19  C7   
   c3    M   16  14  13     1.480   102.822  
   145.879 -0.102500<br />   20  H7    hc    E  
   19  16  14     1.092   111.815  -110.001 
   0.047800<br />   21  H8    hc    E   19  16 
   14     1.074   105.271   133.653  0.049600<br
   />   22  C8    c3    M   19  16  14    
   1.519   106.734     9.135  0.147400<br />  
   23  H9    h1    E   22  19  16    
   1.093   111.474    80.768  0.055700<br />   24 
   H10   h1    E   22  19  16     1.095  
   114.538  -157.270  0.044700<br />   25  N1   
   n3    M   22  19  16     1.455   101.442  
   -35.278 -0.704200<br />   26  C9    c3    M  
   25  22  19     1.475   109.554   -77.222 
   0.141400<br />   27  H11   h1    E   26  25 
   22     1.092   111.860  -163.695  0.049300<br />
     28  H12   h1    E   26  25  22    
   1.096   114.117    73.566  0.011700<br />   29 
   H13   h1    E   26  25  22     1.097  
   110.378   -47.999  0.043800<br /> <br /> <br />
   LOOP<br />    C3   C2<br />    N1   C5<br />
   <br /> IMPROPER<br />    C3   H2   C2    N<br
   />     C   H1   C1    N<br />    C4  
   C1    C    H<br />    C3    C   C4  
   H3<br />    C4   C1    C    H<br />   
   C3    C   C4   H3<br />    C5   C4   C3  
   C2<br /> <br /> DONE<br /> STOP<br /> <br /> This is the
   HETATM in pdb file:<br /> HETATM 7585  C   NIC    
   1      57.090  76.668  61.797  1.00 
   0.00           C<br /> HETATM 7586  C  
   NIC     1      58.370  76.789  61.300 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7587 
   N   NIC     1      58.868  77.949  60.869 
   1.00  0.00           N<br /> HETATM 7588 
   C   NIC     1      57.971  78.938  60.776 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7589 
   C   NIC     1      56.635  78.838  61.141 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7590 
   C   NIC     1      56.231  77.720  61.806 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7591 
   C   NIC     1      55.606  79.785  60.671 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7592 
   C   NIC     1      56.085  80.494  59.432 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7593 
   C   NIC     1      54.838  80.678  58.656 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7594 
   C   NIC     1      53.691  80.283  59.571 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7595 
   N   NIC     1      54.286  79.189  60.324 
   1.00  0.00           N<br /> HETATM 7596 
   C   NIC     1      54.310  77.972  59.491 
   1.00  0.00           C<br /> HETATM 7597 
   H   NIC     1      56.669  75.766  62.154 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7598 
   H   NIC     1      59.040  75.942  61.246 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7599 
   H   NIC     1      58.346  79.834  60.300 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7600 
   H   NIC     1      55.214  77.593  62.164 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7601 
   H   NIC     1      55.414  80.537  61.435 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7602 
   H   NIC     1      56.571  81.448  59.658 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7603 
   H   NIC     1      56.777  79.896  58.841 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7604 
   H   NIC     1      54.817  80.046  57.766 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7605 
   H   NIC     1      54.859  81.699  58.325 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7606 
   H   NIC     1      53.431  81.092  60.259 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7607 
   H   NIC     1      52.773  79.993  59.050 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7608 
   H   NIC     1      54.476  77.073  60.089 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7609 
   H   NIC     1      55.063  77.989  58.695 
   1.00  0.00           H<br /> HETATM 7610 
   H   NIC     1      53.331  77.810  59.023 
   1.00  0.00           H</p><p _moz_di rty="" class="MsoNormal"><br _moz_dirty="" typ e="_moz" /></p><p _moz_dirty="" class="Mso Normal">Jaya.<br _moz_dirty="" /></p> </div>


_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER.ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber

Received on Fri Oct 23 2009 - 09:30:02 PDT
Custom Search