cd tleap; make install make[1]: Entering directory `/home/jramirez/antechamber-1.27/tleap' gcc -c -O2 -DSYSV basics.c gcc -c -O2 -DSYSV sysdepend.c gcc -c -O2 -DSYSV stringExtra.c gcc -c -O2 -DSYSV varArray.c gcc -c -O2 -DSYSV getline.c gcc -c -O2 -DSYSV avl.c gcc -c -O2 -DSYSV pdb_format.c gcc -c -O2 -DSYSV pdb_read.c gcc -c -O2 -DSYSV pdb_sprntf.c gcc -c -O2 -DSYSV pdb_sscanf.c gcc -c -O2 -DSYSV pdb_write.c gcc -c -O2 -DSYSV vector.c gcc -c -O2 -DSYSV zMatrix.c gcc -c -O2 -DSYSV sort.c gcc -c -O2 -DSYSV bag.c gcc -c -O2 -DSYSV hash.c gcc -c -O2 -DSYSV dictionary.c gcc -c -O2 -DSYSV database.c gcc -c -O2 -DSYSV nVector.c gcc -c -O2 -DSYSV ring.c gcc -c -O2 -DSYSV matrix.c gcc -c -O2 -DSYSV fortran.c gcc -c -O2 -DSYSV displayer.c gcc -c -O2 -DSYSV assoc.c gcc -c -O2 -DSYSV atom.c gcc -c -O2 -DSYSV byteArray.c gcc -c -O2 -DSYSV collection.c gcc -c -O2 -DSYSV container.c gcc -c -O2 -DSYSV internal.c gcc -c -O2 -DSYSV list.c gcc -c -O2 -DSYSV loop.c gcc -c -O2 -DSYSV molecule.c gcc -c -O2 -DSYSV oDouble.c gcc -c -O2 -DSYSV oInteger.c gcc -c -O2 -DSYSV oString.c gcc -c -O2 -DSYSV objekt.c gcc -c -O2 -DSYSV parmSet.c gcc -c -O2 -DSYSV residue.c gcc -c -O2 -DSYSV unit.c gcc -c -O2 -DSYSV unitio.c gcc -c -O2 -DSYSV graphUtil.c gcc -c -O2 -DSYSV select.c gcc -c -O2 -DSYSV amber.c gcc -c -O2 -DSYSV build.c gcc -c -O2 -DSYSV elements.c gcc -c -O2 -DSYSV library.c gcc -c -O2 -DSYSV chirality.c gcc -c -O2 -DSYSV minimizer.c gcc -c -O2 -DSYSV model.c gcc -c -O2 -DSYSV parmLib.c gcc -c -O2 -DSYSV pdbFile.c pdbFile.c: In function `writeTER': pdbFile.c:1760: warning: initialization from incompatible pointer type gcc -c -O2 -DSYSV tools.c gcc -c -O2 -DSYSV variables.c yacc parser.y conflicts: 6 shift/reduce (The warning 'conflicts: 6 shift/reduce' is normal) rm -f parser.c mv y.tab.c parser.c gcc -c -O2 -DSYSV parser.c gcc -c -O2 -DSYSV help.c gcc -c -O2 -DSYSV utilMakeHelp.c gcc -o utilMakeHelp basics.o sysdepend.o stringExtra.o varArray.o getline.o avl.o pdb_format.o pdb_read.o pdb_sprntf.o pdb_sscanf.o pdb_write.o vector.o zMatrix.o sort.o bag.o hash.o dictionary.o database.o nVector.o ring.o matrix.o fortran.o displayer.o utilMakeHelp.o -lm ./utilMakeHelp helptext.text helptext.c gcc -c -O2 -DSYSV helptext.c gcc -c -O2 -DSYSV octree.c gcc -c -O2 -DSYSV commands.c gcc -c -O2 -DSYSV mathop.c gcc -c -O2 -DSYSV block.c gcc -c -O2 -DSYSV restraint.c gcc -c -O2 -DSYSV hybrid.c gcc -c -O2 -DSYSV tripos.c gcc -c -O2 -DSYSV tLeap.c gcc -o teLeap basics.o sysdepend.o stringExtra.o varArray.o getline.o avl.o pdb_format.o pdb_read.o pdb_sprntf.o pdb_sscanf.o pdb_write.o vector.o zMatrix.o sort.o bag.o hash.o dictionary.o database.o nVector.o ring.o matrix.o fortran.o displayer.o assoc.o atom.o byteArray.o collection.o container.o internal.o list.o loop.o molecule.o oDouble.o oInteger.o oString.o objekt.o parmSet.o residue.o unit.o unitio.o graphUtil.o select.o amber.o build.o elements.o library.o chirality.o minimizer.o model.o parmLib.o pdbFile.o tools.o variables.o parser.o help.o helptext.o octree.o commands.o mathop.o block.o restraint.o hybrid.o tripos.o tLeap.o -lm cp tleap ../exe mv teLeap ../exe make[1]: Leaving directory `/home/jramirez/antechamber-1.27/tleap' cd antechamber; make install make[1]: Entering directory `/home/jramirez/antechamber-1.27/antechamber' gcc -O2 -c -o am1bcc.o am1bcc.c gcc -O2 am1bcc.o -lm -o am1bcc gcc -O2 -c -o antechamber.o antechamber.c gcc -O2 antechamber.o -lm -o antechamber gcc -O2 -c -o atomtype.o atomtype.c gcc -O2 atomtype.o -lm -o atomtype g++ -c -o bondtype.o bondtype.C g++ bondtype.o -lm -o bondtype gcc -O2 -c -o charmmgen.o charmmgen.c /tmp/ccviRoYR.s: Assembler messages: /tmp/ccviRoYR.s:8457: Warning: Additional NOP may be necessary to workaround Itanium processor A/B step errata gcc -O2 charmmgen.o -lm -o charmmgen gcc -O2 -c -o database.o database.c gcc -O2 database.o -lm -o database gcc -O2 -c -o espgen.o espgen.c gcc -O2 espgen.o -o espgen gcc -O2 -c -o parmcal.o parmcal.c gcc -O2 parmcal.o -lm -o parmcal gcc -O2 -c -o parmchk.o parmchk.c gcc -O2 parmchk.o -lm -o parmchk gcc -O2 -c -o prepgen.o prepgen.c gcc -O2 prepgen.o -lm -o prepgen gcc -O2 -c -o respgen.o respgen.c gcc -O2 respgen.o -lm -o respgen gcc -O2 -c -o translate.o translate.c gcc -O2 translate.o -lm -o translate gcc -O2 -c -o top2mol2.o top2mol2.c gcc -O2 top2mol2.o -lm -o top2mol2 cp -f mopac.sh ../exe cp -f dacdif ../exe mv -f am1bcc antechamber atomtype bondtype charmmgen database espgen parmcal parmchk prepgen respgen translate top2mol2 ../exe make[1]: Leaving directory `/home/jramirez/antechamber-1.27/antechamber' cd mopac6/src; make install make[1]: Entering directory `/home/jramirez/antechamber-1.27/mopac6/src' g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o aababc.o aababc.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o readmo.o readmo.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o writmo.o writmo.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o mopac.o mopac.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o analyt.o analyt.f /tmp/ccvnSC3A.s: Assembler messages: /tmp/ccvnSC3A.s:1369: Warning: Additional NOP may be necessary to workaround Itanium processor A/B step errata /tmp/ccvnSC3A.s:3403: Warning: Additional NOP may be necessary to workaround Itanium processor A/B step errata g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o anavib.o anavib.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o axis.o axis.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o block.o block.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o bonds.o bonds.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o brlzon.o brlzon.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o calpar.o calpar.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o capcor.o capcor.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o cdiag.o cdiag.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o chrge.o chrge.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o cnvg.o cnvg.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o compfg.o compfg.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o datin.o datin.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dcart.o dcart.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o delmol.o delmol.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o delri.o delri.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o denrot.o denrot.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o densit.o densit.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o depvar.o depvar.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o deri0.o deri0.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o deri1.o deri1.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o deri2.o deri2.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o deri21.o deri21.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o deri22.o deri22.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o deri23.o deri23.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o deritr.o deritr.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o deriv.o deriv.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dernvo.o dernvo.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o ders.o ders.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dfock2.o dfock2.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dfpsav.o dfpsav.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o diag.o diag.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o diat.o diat.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o diat2.o diat2.f /tmp/ccHM8Nyk.s: Assembler messages: /tmp/ccHM8Nyk.s:4913: Warning: Additional NOP may be necessary to workaround Itanium processor A/B step errata g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o diis.o diis.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dijkl1.o dijkl1.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dijkl2.o dijkl2.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dipind.o dipind.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dipole.o dipole.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dofs.o dofs.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o dot.o dot.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o drc.o drc.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o drcout.o drcout.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o ef.o ef.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o enpart.o enpart.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o exchng.o exchng.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o ffhpol.o ffhpol.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o flepo.o flepo.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o fmat.o fmat.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o fock1.o fock1.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o fock2.o fock2.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o force.o force.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o formxy.o formxy.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o forsav.o forsav.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o frame.o frame.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o freqcy.o freqcy.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o geout.o geout.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o geoutg.o geoutg.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o getgeg.o getgeg.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o getgeo.o getgeo.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o getsym.o getsym.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o gettxt.o gettxt.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o gmetry.o gmetry.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o gover.o gover.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o grid.o grid.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o h1elec.o h1elec.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o haddon.o haddon.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o hcore.o hcore.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o helect.o helect.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o hqrii.o hqrii.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o ijkl.o ijkl.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o interp.o interp.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o iter.o iter.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o jcarin.o jcarin.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o linmin.o linmin.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o local.o local.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o locmin.o locmin.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o mamult.o mamult.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o matout.o matout.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o matpak.o matpak.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o meci.o meci.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o mecid.o mecid.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o mecih.o mecih.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o mecip.o mecip.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o moldat.o moldat.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o molval.o molval.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o mullik.o mullik.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o mult.o mult.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o nllsq.o nllsq.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o nuchar.o nuchar.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o parsav.o parsav.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o partxy.o partxy.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o pathk.o pathk.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o paths.o paths.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o perm.o perm.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o polar.o polar.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o powsav.o powsav.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o powsq.o powsq.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o prtdrc.o prtdrc.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o quadr.o quadr.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o react1.o react1.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o reada.o reada.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o refer.o refer.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o repp.o repp.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o rotat.o rotat.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o rotate.o rotate.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o rsp.o rsp.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o search.o search.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o second.o second.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o setupg.o setupg.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o solrot.o solrot.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o swap.o swap.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o symtry.o symtry.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o thermo.o thermo.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o timer.o timer.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o update.o update.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o vecprt.o vecprt.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o wrtkey.o wrtkey.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o wrttxt.o wrttxt.f g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o xyzint.o xyzint.f g77 aababc.o readmo.o writmo.o mopac.o analyt.o anavib.o axis.o block.o bonds.o brlzon.o calpar.o capcor.o cdiag.o chrge.o cnvg.o compfg.o datin.o dcart.o delmol.o delri.o denrot.o densit.o depvar.o deri0.o deri1.o deri2.o deri21.o deri22.o deri23.o deritr.o deriv.o dernvo.o ders.o dfock2.o dfpsav.o diag.o diat.o diat2.o diis.o dijkl1.o dijkl2.o dipind.o dipole.o dofs.o dot.o drc.o drcout.o ef.o enpart.o exchng.o ffhpol.o flepo.o fmat.o fock1.o fock2.o force.o formxy.o forsav.o frame.o freqcy.o geout.o geoutg.o getgeg.o getgeo.o getsym.o gettxt.o gmetry.o gover.o grid.o h1elec.o haddon.o hcore.o helect.o hqrii.o ijkl.o interp.o iter.o jcarin.o linmin.o local.o locmin.o mamult.o matout.o matpak.o meci.o mecid.o mecih.o mecip.o moldat.o molval.o mullik.o mult.o nllsq.o nuchar.o parsav.o partxy.o pathk.o paths.o perm.o polar.o powsav.o powsq.o prtdrc.o quadr.o react1.o reada.o refer.o repp.o rotat.o rotate.o rsp.o search.o second.o setupg.o solrot.o swap.o symtry.o thermo.o timer.o update.o vecprt.o wrtkey.o wrttxt.o xyzint.o -o mopac mv mopac ../../exe make[1]: Leaving directory `/home/jramirez/antechamber-1.27/mopac6/src' cd resp; make install make[1]: Entering directory `/home/jramirez/antechamber-1.27/resp' g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o amopen.o amopen.F g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o lapack.o lapack.F g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o mexit.o mexit.F g77 -c -O2 -fno-automatic -finit-local-zero -o resp.o resp.F g77 amopen.o lapack.o mexit.o resp.o -o resp mv resp ../exe make[1]: Leaving directory `/home/jramirez/antechamber-1.27/resp'