Hi Piotr
here are my input for RESP .
The problem comes when I try to restrain the charge of a H from a R-COOH group.
When I restrain this charge to 0 the charge of the O next to this H is extremely
low and it has no sense to me
This happens even if a work with the 5 conformations or if I work only with one
conformation
So I guess that the problem might come from the restriction but I cannot find
out where is the mistake in the input file
Thanks for your help
itzi
Piotr Cieplak wrote:
> It must be something wrong with applying your equivalencing and restraints.
> Without actual output from gaussian and resp inputs not too much can be said.
> Piotr
>
> -----------------------------------------------------------------------
> The AMBER Mail Reflector
> To post, send mail to amber.scripps.edu
> To unsubscribe, send "unsubscribe amber" to majordomo.scripps.edu
Resp charges for organic molecule
 &cntrl inopt=0, ioutopt=0, iqopt=1, nmol=5, ihfree=1
 &end
    1.0
Resp charges for dansyl-a
    0   37
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    7    0
    6    0
    6    0
    7    0
    1    0
    6    0
    6    0
    8    0
   16    0
    8    0
    8    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    8   20
    1.0
Resp charges for dansyl-b
    0   37
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    7    0
    6    0
    6    0
    7    0
    1    0
    6    0
    6    0
    8    0
   16    0
    8    0
    8    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    8   20
    1.0
Resp charges for dansyl-c
    0   37
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    7    0
    6    0
    6    0
    7    0
    1    0
    6    0
    6    0
    8    0
   16    0
    8    0
    8    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    8   20
    1.0
Resp charges for dansyl-d
    0   37
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    7    0
    6    0
    6    0
    7    0
    1    0
    6    0
    6    0
    8    0
   16    0
    8    0
    8    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    8   20
    1.0
Resp charges for dansyl-e
    0   37
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    6    0
    7    0
    6    0
    6    0
    7    0
    1    0
    6    0
    6    0
    8    0
   16    0
    8    0
    8    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    8   20
    1   0.00000
    1   22    
    1   0.00000
    2   22
    1   0.00000
    3   22    
    1   0.00000
    4   22
    1   0.00000
    5   22    
    5
    1    1    2    1    3    1    4    1    5    1    
    5
    1    2    2    2    3    2    4    2    5    2    
    5
    1    3    2    3    3    3    4    3    5    3   
    5
    1    4    2    4    3    4    4    4    5    4   
    5
    1    5    2    5    3    5    4    5    5    5   
    5
    1    6    2    6    3    6    4    6    5    6   
    5
    1    7    2    7    3    7    4    7    5    7   
    5
    1    8    2    8    3    8    4    8    5    8   
    5
    1    9    2    9    3    9    4    9    5    9   
    5
    1   10    2   10    3   10    4   10    5   10  
    5
    1   11    2   11    3   11    4   11    5   11    
    5
    1   12    2   12    3   12    4   12    5   12    
    5
    1   13    2   13    3   13    4   13    5   13   
    5
    1   14    2   14    3   14    4   14    5   14   
    5
    1   15    2   15    3   15    4   15    5   15   
    5
    1   16    2   16    3   16    4   16    5   16   
    5
    1   17    2   17    3   17    4   17    5   17   
    5
    1   18    2   18    3   18    4   18    5   18   
    5
    1   19    2   19    3   19    4   19    5   19   
    5
    1   20    2   20    3   20    4   20    5   20
    5
    1   21    2   21    3   21    4   21    5   21    
    5
    1   23    2   23    3   23    4   23    5   23   
    5
    1   24    2   24    3   24    4   24    5   24   
    5
    1   25    2   25    3   25    4   25    5   25   
    5
    1   26    2   26    3   26    4   26    5   26   
    5
    1   27    2   27    3   27    4   27    5   27   
    5
    1   28    2   28    3   28    4   28    5   28   
    5
    1   29    2   29    3   29    4   29    5   29   
    5
    1   30    2   30    3   30    4   30    5   30
    5
    1   31    2   31    3   31    4   31    5   31    
    5
    1   32    2   32    3   32    4   32    5   32    
    5
    1   33    2   33    3   33    4   33    5   33   
    5
    1   34    2   34    3   34    4   34    5   34   
    5
    1   35    2   35    3   35    4   35    5   35   
    5
    1   36    2   36    3   36    4   36    5   36 
    5
    1   37    2   37    3   37    4   37    5   37 
Resp charges for organic molecule
 &cntrl  inopt=0, ioutopt=0, iqopt=2, nmol=5, ihfree=1
 &end
    1.0
Resp charges for dansyl-a 
    0   37
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    7  -99
    6    0
    6   12
    7  -99
    1    0
    6    0
    6  -99
    8  -99
   16  -99
    8  -99
    8  -99
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1   29
    1   29
    1   29
    1   29
    1   29
    1    0
    1   35
    8    0
    1.0
Resp charges for dansyl-b
    0   37
    6  -99 
    6  -99 
    6  -99 
    6  -99 
    6  -99 
    6  -99 
    6  -99 
    6  -99 
    6  -99 
    6  -99 
    7  -99 
    6    0 
    6   12 
    7  -99 
    1    0 
    6    0 
    6  -99 
    8  -99 
   16  -99 
    8  -99 
    8  -99 
    1    0 
    1    0 
    1    0 
    1    0 
    1    0 
    1    0 
    1    0 
    1    0 
    1   29 
    1   29 
    1   29 
    1   29 
    1   29 
    1    0 
    1   35 
    8    0 
    1.0
Resp charges for dansyl-c
    0   37
    6  -99 
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    7  -99
    6    0
    6   12
    7  -99
    1    0
    6    0
    6  -99
    8  -99
   16  -99
    8  -99
    8  -99
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1   29
    1   29
    1   29
    1   29
    1   29
    1    0
    1   35
    8    0
    1.0
Resp charges for dansyl-d
    0   37
    6  -99  
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    7  -99
    6    0
    6   12
    7  -99
    1    0
    6    0
    6  -99
    8  -99
   16  -99
    8  -99
    8  -99
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1   29
    1   29
    1   29
    1   29
    1   29
    1    0
    1   35
    8    0
    1.0
Resp charges for dansyl-e
    0   37
    6  -99 
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    6  -99
    7  -99
    6    0
    6   12
    7  -99
    1    0
    6    0
    6  -99
    8  -99
   16  -99
    8  -99
    8  -99
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1    0
    1   29
    1   29
    1   29
    1   29
    1   29
    1    0
    1   35
    8    0
    1   0.00000
    1   22    
    1   0.00000
    2   22
    1   0.00000
    3   22    
    1   0.00000
    4   22
    1   0.00000
    5   22    
    5
    1    1    2    1    3    1    4    1    5    1    
    5
    1    2    2    2    3    2    4    2    5    2    
    5
    1    3    2    3    3    3    4    3    5    3   
    5
    1    4    2    4    3    4    4    4    5    4   
    5
    1    5    2    5    3    5    4    5    5    5   
    5
    1    6    2    6    3    6    4    6    5    6   
    5
    1    7    2    7    3    7    4    7    5    7   
    5
    1    8    2    8    3    8    4    8    5    8   
    5
    1    9    2    9    3    9    4    9    5    9   
    5
    1   10    2   10    3   10    4   10    5   10  
    5
    1   11    2   11    3   11    4   11    5   11    
    5
    1   12    2   12    3   12    4   12    5   12    
    5
    1   13    2   13    3   13    4   13    5   13   
    5
    1   14    2   14    3   14    4   14    5   14   
    5
    1   15    2   15    3   15    4   15    5   15   
    5
    1   16    2   16    3   16    4   16    5   16   
    5
    1   17    2   17    3   17    4   17    5   17   
    5
    1   18    2   18    3   18    4   18    5   18   
    5
    1   19    2   19    3   19    4   19    5   19   
    5
    1   20    2   20    3   20    4   20    5   20
    5
    1   21    2   21    3   21    4   21    5   21    
    5
    1   23    2   23    3   23    4   23    5   23   
    5
    1   24    2   24    3   24    4   24    5   24   
    5
    1   25    2   25    3   25    4   25    5   25   
    5
    1   26    2   26    3   26    4   26    5   26   
    5
    1   27    2   27    3   27    4   27    5   27   
    5
    1   28    2   28    3   28    4   28    5   28   
    5
    1   29    2   29    3   29    4   29    5   29   
    5
    1   30    2   30    3   30    4   30    5   30
    5
    1   31    2   31    3   31    4   31    5   31    
    5
    1   32    2   32    3   32    4   32    5   32    
    5
    1   33    2   33    3   33    4   33    5   33   
    5
    1   34    2   34    3   34    4   34    5   34   
    5
    1   35    2   35    3   35    4   35    5   35   
    5
    1   36    2   36    3   36    4   36    5   36 
    5
    1   37    2   37    3   37    4   37    5   37 
-----------------------------------------------------------------------
The AMBER Mail Reflector
To post, send mail to amber.scripps.edu
To unsubscribe, send "unsubscribe amber" to majordomo.scripps.edu
Received on Wed Jan 14 2004 - 15:53:01 PST