Re: AMBER: charge fitting

From: Itziar Maestre Asenjo <itziar.qorws1.uab.es>
Date: Thu, 27 Nov 2003 10:00:58 +0100

Hi Piotr
here are my input for RESP .

The problem comes when I try to restrain the charge of a H from a R-COOH group.
When I restrain this charge to 0 the charge of the O next to this H is extremely
low and it has no sense to me
This happens even if a work with the 5 conformations or if I work only with one
conformation
So I guess that the problem might come from the restriction but I cannot find
out where is the mistake in the input file

Thanks for your help

itzi


Piotr Cieplak wrote:

> It must be something wrong with applying your equivalencing and restraints.
> Without actual output from gaussian and resp inputs not too much can be said.
> Piotr
>
> -----------------------------------------------------------------------
> The AMBER Mail Reflector
> To post, send mail to amber.scripps.edu
> To unsubscribe, send "unsubscribe amber" to majordomo.scripps.edu


Resp charges for organic molecule

 &cntrl inopt=0, ioutopt=0, iqopt=1, nmol=5, ihfree=1
 &end
    1.0
Resp charges for dansyl-a
    0 37
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    7 0
    6 0
    6 0
    7 0
    1 0
    6 0
    6 0
    8 0
   16 0
    8 0
    8 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    8 20

    1.0
Resp charges for dansyl-b
    0 37
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    7 0
    6 0
    6 0
    7 0
    1 0
    6 0
    6 0
    8 0
   16 0
    8 0
    8 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    8 20

    1.0
Resp charges for dansyl-c
    0 37
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    7 0
    6 0
    6 0
    7 0
    1 0
    6 0
    6 0
    8 0
   16 0
    8 0
    8 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    8 20

    1.0
Resp charges for dansyl-d
    0 37
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    7 0
    6 0
    6 0
    7 0
    1 0
    6 0
    6 0
    8 0
   16 0
    8 0
    8 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    8 20

    1.0
Resp charges for dansyl-e
    0 37
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    6 0
    7 0
    6 0
    6 0
    7 0
    1 0
    6 0
    6 0
    8 0
   16 0
    8 0
    8 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    8 20

    1 0.00000
    1 22
    1 0.00000
    2 22
    1 0.00000
    3 22
    1 0.00000
    4 22
    1 0.00000
    5 22

    5
    1 1 2 1 3 1 4 1 5 1
    5
    1 2 2 2 3 2 4 2 5 2
    5
    1 3 2 3 3 3 4 3 5 3
    5
    1 4 2 4 3 4 4 4 5 4
    5
    1 5 2 5 3 5 4 5 5 5
    5
    1 6 2 6 3 6 4 6 5 6
    5
    1 7 2 7 3 7 4 7 5 7
    5
    1 8 2 8 3 8 4 8 5 8
    5
    1 9 2 9 3 9 4 9 5 9
    5
    1 10 2 10 3 10 4 10 5 10
    5
    1 11 2 11 3 11 4 11 5 11
    5
    1 12 2 12 3 12 4 12 5 12
    5
    1 13 2 13 3 13 4 13 5 13
    5
    1 14 2 14 3 14 4 14 5 14
    5
    1 15 2 15 3 15 4 15 5 15
    5
    1 16 2 16 3 16 4 16 5 16
    5
    1 17 2 17 3 17 4 17 5 17
    5
    1 18 2 18 3 18 4 18 5 18
    5
    1 19 2 19 3 19 4 19 5 19
    5
    1 20 2 20 3 20 4 20 5 20
    5
    1 21 2 21 3 21 4 21 5 21
    5
    1 23 2 23 3 23 4 23 5 23
    5
    1 24 2 24 3 24 4 24 5 24
    5
    1 25 2 25 3 25 4 25 5 25
    5
    1 26 2 26 3 26 4 26 5 26
    5
    1 27 2 27 3 27 4 27 5 27
    5
    1 28 2 28 3 28 4 28 5 28
    5
    1 29 2 29 3 29 4 29 5 29
    5
    1 30 2 30 3 30 4 30 5 30
    5
    1 31 2 31 3 31 4 31 5 31
    5
    1 32 2 32 3 32 4 32 5 32
    5
    1 33 2 33 3 33 4 33 5 33
    5
    1 34 2 34 3 34 4 34 5 34
    5
    1 35 2 35 3 35 4 35 5 35
    5
    1 36 2 36 3 36 4 36 5 36
    5
    1 37 2 37 3 37 4 37 5 37





Resp charges for organic molecule

 &cntrl inopt=0, ioutopt=0, iqopt=2, nmol=5, ihfree=1
 &end
    1.0
Resp charges for dansyl-a
    0 37
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    7 -99
    6 0
    6 12
    7 -99
    1 0
    6 0
    6 -99
    8 -99
   16 -99
    8 -99
    8 -99
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 0
    1 35
    8 0

    1.0
Resp charges for dansyl-b
    0 37
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    7 -99
    6 0
    6 12
    7 -99
    1 0
    6 0
    6 -99
    8 -99
   16 -99
    8 -99
    8 -99
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 0
    1 35
    8 0

    1.0
Resp charges for dansyl-c
    0 37
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    7 -99
    6 0
    6 12
    7 -99
    1 0
    6 0
    6 -99
    8 -99
   16 -99
    8 -99
    8 -99
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 0
    1 35
    8 0

    1.0
Resp charges for dansyl-d
    0 37
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    7 -99
    6 0
    6 12
    7 -99
    1 0
    6 0
    6 -99
    8 -99
   16 -99
    8 -99
    8 -99
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 0
    1 35
    8 0

    1.0
Resp charges for dansyl-e
    0 37
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    6 -99
    7 -99
    6 0
    6 12
    7 -99
    1 0
    6 0
    6 -99
    8 -99
   16 -99
    8 -99
    8 -99
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 0
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 29
    1 0
    1 35
    8 0

    1 0.00000
    1 22
    1 0.00000
    2 22
    1 0.00000
    3 22
    1 0.00000
    4 22
    1 0.00000
    5 22

    5
    1 1 2 1 3 1 4 1 5 1
    5
    1 2 2 2 3 2 4 2 5 2
    5
    1 3 2 3 3 3 4 3 5 3
    5
    1 4 2 4 3 4 4 4 5 4
    5
    1 5 2 5 3 5 4 5 5 5
    5
    1 6 2 6 3 6 4 6 5 6
    5
    1 7 2 7 3 7 4 7 5 7
    5
    1 8 2 8 3 8 4 8 5 8
    5
    1 9 2 9 3 9 4 9 5 9
    5
    1 10 2 10 3 10 4 10 5 10
    5
    1 11 2 11 3 11 4 11 5 11
    5
    1 12 2 12 3 12 4 12 5 12
    5
    1 13 2 13 3 13 4 13 5 13
    5
    1 14 2 14 3 14 4 14 5 14
    5
    1 15 2 15 3 15 4 15 5 15
    5
    1 16 2 16 3 16 4 16 5 16
    5
    1 17 2 17 3 17 4 17 5 17
    5
    1 18 2 18 3 18 4 18 5 18
    5
    1 19 2 19 3 19 4 19 5 19
    5
    1 20 2 20 3 20 4 20 5 20
    5
    1 21 2 21 3 21 4 21 5 21
    5
    1 23 2 23 3 23 4 23 5 23
    5
    1 24 2 24 3 24 4 24 5 24
    5
    1 25 2 25 3 25 4 25 5 25
    5
    1 26 2 26 3 26 4 26 5 26
    5
    1 27 2 27 3 27 4 27 5 27
    5
    1 28 2 28 3 28 4 28 5 28
    5
    1 29 2 29 3 29 4 29 5 29
    5
    1 30 2 30 3 30 4 30 5 30
    5
    1 31 2 31 3 31 4 31 5 31
    5
    1 32 2 32 3 32 4 32 5 32
    5
    1 33 2 33 3 33 4 33 5 33
    5
    1 34 2 34 3 34 4 34 5 34
    5
    1 35 2 35 3 35 4 35 5 35
    5
    1 36 2 36 3 36 4 36 5 36
    5
    1 37 2 37 3 37 4 37 5 37




-----------------------------------------------------------------------
The AMBER Mail Reflector
To post, send mail to amber.scripps.edu
To unsubscribe, send "unsubscribe amber" to majordomo.scripps.edu
Received on Wed Jan 14 2004 - 15:53:01 PST
Custom Search