# Input parameters for mm_pbsa.pl
#################################################################
@GENERAL
PREFIX                raf
PATH                  ./
#
COMPLEX               0
RECEPTOR              0
LIGAND                1
#
LIGPT                 ./raf_wt.prmtop
#
GC                    0
AS                    0
DC                    0
#
MM                    1 
GB                    1
PB                    0
MS                    1
#
NM                    0
#
################################################################
@GB
#
IGB                   4
SALTCON               0.00
EXTDIEL               80.0
#
SURFTEN               0.0072
SURFOFF               0.00
#
################################################################
@MS
PROBE                 1.4
RADII                 ./atmtypenumbers
#
################################################################
@TRAJECTORY
TRAJECTORY            ../prod_II/md_nvt_prod_pme_01.mdcrd.gz
TRAJECTORY            ../prod_II/md_nvt_prod_pme_02.mdcrd.gz
TRAJECTORY            ../prod_II/md_nvt_prod_pme_03.mdcrd.gz
TRAJECTORY            ../prod_II/md_nvt_prod_pme_04.mdcrd.gz
TRAJECTORY            ../prod_II/md_nvt_prod_pme_05.mdcrd.gz
#
################################################################